公司扣农民工资是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合法扣减工资的情形：

   • 法定扣减：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司可以在特定情况下依法扣减员工工资，如员工因个人原因造成公司经济损失且需要赔偿的，公司可以从其工资中扣除相应金额，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 合同约定：如果公司与员工在劳动合同中明确约定了某些情况下可以扣减工资，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣减工资也是合法的。但需要注意的是，劳动合同中的约定不能免除公司的法定责任，也不能降低员工的法定权益。

2. 非法扣减工资的情形：

   • 无合法依据扣减：如果公司没有法定或合同约定的理由，擅自扣减员工工资，那么这种行为就是非法的。例如，公司以“罚款”为名扣减员工工资，但并未提供充分的证据证明员工存在违规行为，或者罚款金额超出了合理范围，那么这种扣减就是不合法的。
   • 扣减金额超出限制：即使公司有合法依据扣减工资，但如果扣减的金额超出了法律法规或合同约定的限制，那么超出部分的扣减也是非法的。如前所述，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

3. 针对农民工的特殊保护：

   • 农民工作为劳动者的一部分，同样享有法律法规规定的各项权益。如果公司扣减农民工工资的行为违反了相关法律法规或合同约定，农民工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：

• 如果你作为农民工遇到了公司非法扣减工资的情况，首先应当与公司进行沟通协商，要求公司说明扣减工资的理由和依据。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，提供相关证据（如工资条、劳动合同、扣减工资的通知等）来支持你的主张。
• 在整个过程中，你可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，李海峰律师，专注于工伤赔偿、社会保险、劳动合同领域），以更好地维护自己的合法权益。

总结：公司扣农民工资是否合法，取决于扣减的理由、依据以及扣减的金额是否符合法律法规和合同约定。如果公司非法扣减工资，农民工有权采取法律措施来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。