结论前置：作为被申请人的公司，在员工提起劳动仲裁后，不能简单地选择不去参与仲裁程序。公司应积极应对，通过合法途径解决争议，维护双方的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁程序的独立性与必要性
劳动仲裁是解决劳动者与用人单位之间争议的重要途径，具有独立性和必要性。一旦员工申请劳动仲裁，仲裁程序将按照法定流程进行，不受个人职务变动或公司态度的影响。公司作为被申请人，必须依法参与仲裁，包括提供证据、进行答辩等，以确保公司的合法权益得到维护。
二、缺席仲裁的法律后果
若公司选择不去（缺席仲裁）：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，若被申请人无正当理由拒不到庭或未经仲裁庭同意中途退庭，仲裁庭可进行缺席裁决。
- 缺席裁决具有法律效力，对公司具有约束力。公司可能因未能充分表达观点和提供证据而承担不利后果，如被裁决支付未支付的工资、经济补偿金等。
若公司委托代理人参与仲裁：
- 公司可以选择委托律师或其他具备代理资格的人员参加仲裁活动。代理人需向劳动争议仲裁委员会提交由公司签名或盖章的授权委托书，明确载明委托事项和代理权限范围。
- 代理人将全权代表公司参与仲裁，包括提交证据、陈述理由等。这有助于公司更好地维护自身权益，避免缺席仲裁带来的不利后果。
三、公司应对劳动仲裁的建议
积极应对，不逃避：
- 公司应正视劳动仲裁，积极与员工沟通，寻求和解或调解的可能性。通过友好协商解决争议，有助于维护双方的关系，减少不必要的法律纠纷。
准备充分，有效维权：
- 公司应准备充分的证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录等，以支持自己的主张。同时，公司应了解仲裁程序和相关法律法规，确保在仲裁过程中能够充分表达观点，有效维护自身权益。
寻求专业帮助：
- 如果公司对劳动仲裁流程不熟悉或缺乏应对经验，可以向我咨询，获取专业的法律意见和支持。作为专业律师，我将根据公司的具体情况，提供针对性的法律建议和策略。
反思与改进：
- 劳动仲裁往往暴露出公司在劳动关系管理上的问题。公司应借此机会进行内部审查和改进，加强劳动法律法规的学习和培训，完善内部管理制度和流程，预防类似问题的再次发生。
总结与提醒：面对员工的劳动仲裁申请，公司应积极应对，通过合法途径解决争议。缺席仲裁可能带来不利的法律后果，因此公司应尽量避免这种情况的发生。如果公司有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将竭诚为你提供专业的法律服务。