结论：小公司老板通过经理给员工发工资这一行为本身并不违法，但需确保符合相关法律规定，如工资支付记录、个税代扣代缴等；若存在利用此方式逃避法律责任（如未签劳动合同、未缴社保等），则可能面临法律风险。以下从不同角度展开分析：

1. 工资支付方式的合法性

• 直接支付与间接支付：法律并未禁止老板通过第三方（如经理）支付工资，只要工资实际发放到员工手中，且金额、时间符合约定或法律规定（如按月支付、不低于最低工资标准等），即属合法。
• 关键点：需保留工资支付记录（如银行转账凭证、签字确认的工资条等），以证明工资已足额支付。若采用现金支付，建议员工签字确认并留存复印件。

2. 潜在法律风险

• 逃避劳动法义务：若老板通过经理发工资的目的是掩盖劳动关系（如未签劳动合同、未缴社保、逃避加班费支付等），则可能构成违法。例如：
  • 未签劳动合同：根据《劳动合同法》，用人单位需自用工之日起1个月内与员工签订书面合同，否则需支付双倍工资差额。若通过经理发工资以规避此义务，员工仍可主张权利。
  • 未缴社保：用人单位必须为员工缴纳社保，若通过经理发工资以隐瞒员工身份，可能面临社保部门处罚（如补缴、罚款）。
• 税务风险：老板需确保工资发放时已依法代扣代缴个人所得税。若通过经理发工资且未履行代扣代缴义务，税务机关可能追究老板或公司的责任。

3. 员工权益保护建议

• 要求明确工资构成：员工应要求公司提供书面工资条，明确基本工资、绩效、奖金等构成，避免口头约定。
• 保留劳动关系证据：如工作证、考勤记录、工作邮件、同事证言等，以证明与公司的劳动关系（尤其在未签合同的情况下）。
• 及时维权：若发现公司通过经理发工资存在逃避法律义务的行为（如未缴社保、拖欠工资等），可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 对老板/公司的建议

• 规范工资支付流程：建议通过公司对公账户直接支付工资，并留存完整记录，避免个人账户转账引发的纠纷。
• 依法履行义务：及时与员工签订劳动合同、缴纳社保、代扣代缴个税，避免因小失大。
• 完善内部管理：若通过经理代发工资，需明确经理的权限和责任（如仅作为支付工具，不涉及劳动关系管理），防止经理滥用职权或员工误解。

总结：老板通过经理发工资本身不违法，但需确保工资支付合法、税务合规，并依法履行劳动法义务。若存在逃避责任的行为，员工可依法维权，老板/公司可能面临法律处罚。如有具体疑问或案例，可进一步向我咨询。