结论：签订合同后，是否可以与乙方分公司结算，需根据合同具体约定、分公司法律地位及实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定优先

1. 合同明确约定结算对象
   若合同中明确约定“乙方应通过其分公司进行结算”，或指定了具体分公司名称，则双方应按约定履行。此时，分公司作为合同约定的结算主体，具有法律约束力。

2. 合同未明确约定结算对象
   若合同未明确约定结算对象，则需结合以下因素判断：

   • 分公司是否具有独立结算能力：若分公司具备独立财务账户、税务登记及民事行为能力（如领取营业执照的分公司），可独立作为结算主体。
   • 实际履行情况：若双方在合同履行过程中，实际通过分公司进行结算且未提出异议，可视为对合同结算方式的变更，形成事实合同关系。

二、分公司法律地位的影响

1. 分公司作为乙方分支机构
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。但分公司可在总公司授权范围内独立从事经营活动，包括签订合同、开具发票等。因此：

   • 若分公司经总公司授权结算：结算行为有效，乙方总公司需承担最终责任。
   • 若分公司未经授权结算：结算行为可能因无权代理而效力待定，需总公司追认后方有效；若总公司拒绝追认，结算行为对乙方无约束力，但您可要求分公司承担缔约过失责任。

2. 分公司独立核算情况
   若分公司独立核算且合同明确约定由其结算，实践中法院可能认可分公司的结算主体地位，但乙方总公司仍需承担连带责任（除非合同明确排除总公司责任）。

三、实务建议

1. 审查合同条款
   重点检查合同中关于“结算主体”“付款方式”“发票开具”等条款，确认是否允许通过分公司结算。

2. 核实分公司授权
   要求乙方提供总公司对分公司的授权文件，明确结算权限范围及期限。

3. 保留履行证据
   若实际通过分公司结算，需保存付款记录、发票、沟通记录等证据，以证明双方对结算方式的认可。

4. 风险防范措施

   • 在合同中增加“乙方总公司对分公司结算行为承担连带责任”条款；
   • 要求分公司提供总公司出具的《结算担保函》或类似文件。

四、法律后果提示

1. 若未经授权结算：乙方总公司可能以“无权代理”为由拒绝认可结算行为，您可能面临重新向总公司主张权利的风险。
2. 若分公司无独立结算能力：结算行为可能因违反法律强制性规定（如分公司未领取营业执照）而被认定无效。

总结：是否可与乙方分公司结算，需结合合同约定、分公司授权及实际履行情况综合判断。建议您根据上述分析审查合同及履行证据，必要时要求乙方补充授权文件或修改合同条款，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。