结论：甲方是否可以直接打款到乙方分公司，需根据合同具体约定、分公司是否具有独立收款权以及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 如果甲方与乙方总公司在合同中明确约定了付款方式，且指定了收款账户为乙方总公司的账户，那么甲方应当按照合同约定履行付款义务，直接打款到乙方总公司账户。
   • 若合同中未明确约定收款账户，但允许乙方指定收款账户，且乙方总公司以书面形式（如补充协议、通知等）指定其分公司作为收款方，那么甲方在收到有效指定后，可以直接打款到乙方分公司账户。

2. 分公司收款权的法律分析：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，但其可以在总公司的授权范围内开展经营活动，包括收款。
   • 如果乙方分公司已经依法设立，并取得了营业执照，且在总公司的授权范围内有权收取合同款项，那么甲方在确认分公司收款权限后，可以直接打款到分公司账户。
   • 风险提示：若分公司未经总公司授权或超出授权范围收款，可能导致付款行为无效或引发法律纠纷。因此，甲方在付款前应核实分公司的收款权限。

3. 实际操作建议：

   • 核实收款账户信息：甲方在付款前，应仔细核对合同中的收款账户信息，或与乙方总公司确认收款账户是否变更。
   • 要求提供授权文件：如果乙方总公司指定分公司收款，甲方应要求乙方总公司提供书面授权文件，以证明分公司具有收款权限。
   • 保留付款凭证：无论付款到总公司还是分公司账户，甲方都应妥善保留付款凭证，如银行转账记录、收据等，以备不时之需。

4. 法律后果：

   • 如果甲方未经核实直接打款到无收款权限的分公司账户，可能导致付款行为被认定为无效，甲方可能需要承担重新付款、赔偿损失等法律责任。
   • 如果乙方分公司收到款项后未按照合同约定履行义务，甲方可能需要根据合同约定和法律规定向乙方总公司或分公司主张权利。

总结：甲方是否可以直接打款到乙方分公司，需根据合同约定、分公司收款权限以及相关法律规定综合判断。在实际操作中，甲方应谨慎核实收款账户信息，要求提供必要的授权文件，并保留好付款凭证。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。