菌种自繁自用是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 菌种来源的合法性：

   • 如果菌种本身是通过合法途径获取的，比如从正规菌种供应单位购买，或者从公开可获取的、无版权限制的菌种资源中获取，那么自繁自用这些菌种通常是合法的。
   • 如果菌种是通过非法手段获取的，比如盗窃、侵权繁殖等，那么自繁自用这些菌种就是违法的，可能会面临法律责任。

2. 菌种使用的目的和范围：

   • 如果菌种自繁自用是为了个人研究、学习或非商业目的，且没有侵犯他人的知识产权或商业秘密，那么这种行为通常是合法的。
   • 如果菌种自繁自用是为了商业目的，比如销售繁殖后的菌种或利用菌种生产的产品进行销售，那么就需要考虑是否获得了相关的授权或许可。未经授权或许可的商业使用可能构成侵权或违法。

3. 相关法律法规的遵守：

   • 在自繁自用菌种的过程中，需要遵守相关的法律法规，比如《中华人民共和国种子法》（若菌种属于植物种子范畴）、《中华人民共和国专利法》（若菌种受专利保护）、《中华人民共和国著作权法》（若菌种相关技术或资料受著作权保护）等。
   • 特别是要注意避免侵犯他人的知识产权，比如专利权、著作权、商业秘密等。如果菌种或相关技术受到这些权利的保护，未经权利人许可的自繁自用行为可能构成侵权。

4. 特殊菌种的限制：

   • 对于某些特殊菌种，比如国家禁止或限制进出口的菌种、具有危险性的菌种等，自繁自用可能受到更严格的限制或禁止。
   • 在这种情况下，需要了解并遵守相关的法律法规和监管要求，确保自繁自用行为的合法性。

法律建议：

• 在自繁自用菌种之前，建议先了解菌种的来源、性质以及相关的法律法规要求。
• 如果菌种受知识产权保护或属于特殊菌种范畴，建议咨询相关权利人或监管部门，确保自繁自用行为的合法性。
• 如果自繁自用菌种涉及商业目的，建议寻求专业的法律意见，确保商业行为的合法性和合规性。

可能后果：

• 如果自繁自用菌种行为违法或侵权，可能会面临法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
• 因此，在自繁自用菌种时，务必谨慎行事，确保行为的合法性和合规性。

如有任何关于菌种自繁自用合法性的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。