自己生产的菌种自己使用，在一般情况下并不违法，但具体是否违法还需根据菌种的性质、用途以及相关法律法规的规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 菌种性质与用途：

   • 如果菌种属于普通微生物，且用于合法的生产、科研或教学目的，那么自己生产并使用这些菌种通常是合法的。例如，在食品发酵、农业种植或生物制药等领域，使用特定菌种进行生产是常见的做法，只要符合相关行业的标准和规定即可。
   • 如果菌种属于国家明令禁止生产、销售或使用的微生物，或者属于需要特殊许可才能使用的菌种（如某些病原微生物、转基因微生物等），那么未经许可自行生产并使用这些菌种就可能构成违法。

2. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国生物安全法》等相关法律法规，对于涉及生物安全的活动，包括微生物的生产、使用和管理等，都有严格的规定。如果自行生产的菌种涉及生物安全风险，且未按照法律法规的要求进行申报、审批或备案，就可能面临法律责任。
   • 此外，如果菌种的使用涉及到知识产权问题，如未经授权使用了他人的专利菌种或商业秘密菌种，也可能构成侵权。

3. 实际操作建议：

   • 在自行生产并使用菌种前，建议先了解相关法律法规和行业标准，确保自己的行为符合法律要求。
   • 如果菌种属于特殊类型或需要特殊许可，务必在获得相关许可后再进行生产和使用。
   • 在使用菌种过程中，注意做好生物安全防护措施，防止菌种泄露或造成其他生物安全风险。

可能面临的法律后果：

• 如果自行生产并使用的菌种违反了相关法律法规或行业标准，可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）或刑事责任（如构成犯罪的，依法追究刑事责任）。
• 如果因使用菌种造成他人损害或环境污染等后果，还可能面临民事赔偿责任。

总结与建议：

• 自行生产并使用菌种是否违法，取决于菌种的性质、用途以及相关法律法规的规定。
• 在进行相关活动前，建议先咨询专业律师或相关机构，了解法律法规和行业标准的要求，确保自己的行为合法合规。
• 如果在生产或使用过程中遇到法律问题或纠纷，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。