农户自己生产菌种自己使用，在一般情况下并不违法。不过，这还需要结合具体的法律法规和实际情况来详细分析：

1. 从法律法规的角度来看：

   • 目前，并没有明确的法律法规禁止农户自己生产菌种并用于自己的农业生产活动。菌种的生产和使用，主要受到农业、林业等相关部门的监管，以确保其质量和安全，不危害生态环境和人体健康。
   • 如果农户生产的菌种符合相关的质量标准和安全要求，且仅用于自己的农业生产，没有进行销售或传播，那么这种行为通常是合法的。

2. 从实际操作的角度来看：

   • 农户在生产菌种时，应确保使用合法、安全的原料和工艺，避免使用禁用物质或进行非法操作。
   • 农户应了解并遵守当地关于菌种生产、使用和管理的相关规定，如需要办理相关手续或获得许可，应及时办理。
   • 如果农户计划将生产的菌种用于销售或传播，那么就需要更加严格地遵守相关的法律法规和标准，确保菌种的质量和安全，并可能需要获得相关的生产、销售许可。

3. 可能存在的风险：

   • 如果农户生产的菌种存在质量问题或安全隐患，可能会对自己的农业生产造成损失，甚至可能危害生态环境和人体健康。
   • 如果农户未经许可将生产的菌种用于销售或传播，可能会面临法律责任，如罚款、没收违法所得等。

建议：

• 农户在生产菌种前，最好先了解当地的相关法律法规和标准，确保自己的生产活动合法合规。
• 如果农户对菌种的生产和使用不太了解，可以咨询当地的农业、林业部门或专业的农业技术机构，获取相关的指导和帮助。
• 农户应定期对自己的菌种进行质量检测和安全评估，确保菌种的质量和安全符合相关要求。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。