农民自己育种是否违法，需根据种子的具体类型和相关法律规定来判断。以下是对此问题的详细分析：

一般情况下不违法

• 常规种子育种：依据《中华人民共和国种子法》的相关规定，农民个人自繁自用的常规种子，在有余量的情况下，可以在当地集贸市场上出售、串换，且无需办理种子生产经营许可证。常规种子指的是通过常规育种方法培育、遗传性状稳定的种子，如传统农作物品种（常规水稻、小麦等）。农民在收获后留下部分作为下一年的种子进行育种，属于合法行为。

特殊情况下违法

1. 受保护品种育种：

   • 法律规定：《中华人民共和国种子法》明确规定了植物新品种权所有人的排他独占权。未经权利人许可，任何单位或个人不得生产、繁殖、销售或重复使用授权品种的繁殖材料。
   • 适用情形：若农民种植的是受植物新品种权保护的种子（如杂交种子），未经授权擅自留种并用于下一年育种，将侵犯品种权人的权利，构成违法行为。

2. 转基因种子育种：

   • 法律规定：根据《农业转基因生物安全管理条例》，从事农业转基因生物生产、加工的单位和个人需取得相应许可，并遵守相关规定。
   • 适用情形：转基因种子的生产、销售和使用受到严格监管。农民若自行留种转基因种子并用于下一年育种，将违反转基因生物管理的相关法律法规，属于违法行为。

综合建议

农民在育种时，应首先了解所种植种子的性质和相关法律规定。对于常规种子，可自行留种并用于育种；但对于受保护品种或转基因种子，则需谨慎处理，避免侵犯他人权利或违反法律法规。如有不确定之处，可以直接向我咨询，我会为你提供准确的法律指导。

可能的法律后果

• 民事责任：若农民未经授权擅自留种并用于育种，侵犯了品种权人的权利，品种权人有权要求农民停止侵权行为，并赔偿因此造成的损失。
• 行政责任：若农民违反转基因生物管理的相关法律法规，擅自留种转基因种子并用于育种，将面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
• 刑事责任：在极端情况下，若农民的育种行为构成犯罪（如生产、销售伪劣种子罪），将依法追究刑事责任。

农民在育种过程中应严格遵守相关法律法规，确保育种行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。