私下交易微生物菌种是否合法，主要取决于交易的菌种类型、交易目的以及是否遵守了相关法律法规。

1. 菌种类型：

   • 如果交易的微生物菌种属于国家明令禁止或严格管控的类别，如某些高致病性微生物、危险病原体等，那么私下交易这些菌种是违法的，可能涉及刑事责任。
   • 对于非禁止或非严格管控的微生物菌种，私下交易虽然可能不直接违法，但仍需遵守相关法律法规，如《微生物菌种保藏管理办法》等，确保交易的合法性和安全性。

2. 交易目的：

   • 如果私下交易微生物菌种的目的是为了科学研究、教学、生产等合法用途，并且遵守了相关法律法规和规定，那么这种交易可能是合法的。
   • 然而，如果交易目的是为了非法活动，如制造生物武器、危害公共安全等，那么这种交易显然是违法的，并且会受到法律的严厉制裁。

3. 遵守相关法律法规：

   • 无论交易的微生物菌种类型如何，私下交易都必须遵守相关法律法规和规定。这包括但不限于菌种的运输、保存、使用等方面的规定。
   • 交易双方应该确保交易的菌种来源合法、手续齐全，并且符合相关法律法规的要求。

综上所述，私下交易微生物菌种的合法性取决于多个因素，包括菌种类型、交易目的以及是否遵守了相关法律法规。因此，在进行此类交易时，建议咨询相关部门或专业机构，确保交易的合法性和安全性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。