在农业用地上建厂房是严重的违法行为，将会面临多重处罚。以下是对此问题的详细解答：
一、土地管理方面的处罚
责令限期改正或治理： 根据《土地管理法》的相关规定，非法占用耕地进行非农业建设（如建厂房）破坏种植条件的，县级以上人民政府自然资源主管部门和农业农村主管部门有权责令限期改正或者治理。这意味着，违法者需要在规定的时间内恢复土地的原状或进行治理，以减轻对土地的破坏。
罚款： 违法者将被处以耕地开垦费的5倍以上10倍以下的罚款，具体标准由各省、自治区、直辖市根据当地土地资源状况和经济发展水平确定。此外，也有规定可能按占用耕地面积每平方米100元到1000元的标准处以罚款。这一处罚旨在通过经济手段遏制非法占用耕地的行为。
责令退还非法占用的土地： 对于违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，县级以上人民政府自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地。这意味着违法者必须将非法占用的土地归还给原土地所有者或使用者，恢复土地的原有用途。
拆除非法建筑： 在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，相关部门有权责令限期拆除。如果违法者逾期不拆除，相关部门将依法强制拆除，并由违法者承担拆除费用。这一处罚旨在彻底消除非法占用土地的行为，恢复土地的合法使用状态。
二、农业生产影响方面的处罚
如果非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地大量毁坏的，将依照《中华人民共和国刑法》的相关规定，以非法占用农用地罪定罪处罚。处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。这一处罚旨在严厉打击非法占用农用地、破坏农业生产的行为，保护国家粮食安全和农业可持续发展。
三、其他方面的处罚
除了上述处罚外，违法者的信息还将被纳入信用体系，对其信用评级产生负面影响。这可能导致违法者在金融信贷、商业合作、项目审批等方面受到限制，如银行可能因信用记录不良而拒绝贷款申请或提高贷款利率。这一处罚旨在通过信用惩戒手段，提高违法者的违法成本，促使其自觉遵守土地管理法规。
总结与建议
占用农业用地建厂房是严重的违法行为，不仅面临高额罚款和可能的刑事责任，还会对个人信用造成长期负面影响。因此，我建议企业和个人严格遵守土地管理法规，合理规划土地使用，避免非法占用耕地进行建设活动。如需使用土地进行建设，应依法办理相关手续，确保合法合规。这样不仅可以避免法律风险，还可以为企业的可持续发展和社会的和谐稳定做出贡献。