结论：男方仍然有权起诉离婚，但能否判决离婚需根据具体情况判断。以下从法律程序和实体判决两个角度进行详细分析：

一、法律程序角度：男方起诉权不受影响

1. 起诉权是法定权利
   根据《民法典》第1079条，夫妻一方要求离婚的，可直接向法院提起诉讼。起诉权不因对方未出庭或此前诉讼结果而丧失，即使女方此前两次起诉男方未出庭，男方仍有权以原告身份提起离婚诉讼。

2. 被告缺席的处理规则
   若男方起诉后女方未出庭，法院会依法进行缺席审理。根据《民事诉讼法》第147条，被告经传票传唤无正当理由拒不到庭的，法院可缺席判决。但需注意：

   • 法院会审查男方提交的证据是否充分；
   • 若证据不足或存在争议，法院可能要求男方补充证据或延期审理。

二、实体判决角度：能否离婚需综合判断

1. 分居满5年的法律意义
   根据《民法典》第1079条，因感情不和分居满2年，法院调解无效的应准予离婚。本案中双方已分居5年，远超法定标准，男方需重点证明：

   • 分居事实（如租房合同、水电费记录、证人证言等）；
   • 分居原因系感情不和（如聊天记录、书面协议等）。

2. 女方两次未出庭的影响
   女方此前作为被告未出庭，可能被视为放弃抗辩权，但法院仍需独立审查证据。若男方能证明：

   • 双方分居满5年且无和好可能；
   • 女方未出庭无合理理由（如非因不可抗力）， 则法院判决离婚的概率较高。

三、实务建议

1. 证据收集要点

   • 分居证明：租房合同、物业缴费记录、居委会证明等；
   • 感情破裂证据：聊天记录、书面分居协议、证人证言（如亲友、邻居）；
   • 此前诉讼材料：女方未出庭的传票回执、法院缺席判决记录（如有）。

2. 诉讼策略选择

   • 若女方仍拒绝出庭，男方可申请法院公告送达，确保程序合法；
   • 庭审中重点陈述分居事实及女方未履行夫妻义务的情况，强化感情破裂的证明力。

总结：男方有权起诉离婚，且分居5年的事实对判决离婚极为有利。但需注意证据的完整性和程序合法性，建议委托律师协助准备材料、参与庭审，以最大限度维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。