结论：酒店商家在消费者未入住就退款的情况下收取违约金是否合法，需根据具体情况判断，包括合同约定、法律规定以及是否存在特殊情况等。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
违约金条款的有效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。因此，如果酒店与消费者在预订时明确约定了未入住需支付违约金的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款是有效的。
- 酒店有权依据合同约定，在消费者未入住且构成违约的情况下，要求消费者支付违约金。
违约金数额的合理性：
- 约定的违约金应当与因违约造成的损失相当。如果酒店因消费者未入住产生的实际损失（如房间空置成本）较低，而约定的违约金数额过高，消费者可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。
二、法律规定角度
消费者权益保护：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第四条和第二十六条，经营者与消费者进行交易应遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则，且不得以格式条款等方式排除或限制消费者权利。
- 如果酒店设置的违约金条款过于苛刻，明显加重了消费者的责任，排除了消费者的主要权利，那么该条款可能被认定为无效。
违约责任的承担：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 在酒店预订的情境中，如果消费者因自身原因未能按时入住且未提前通知酒店取消或变更预订，可能构成违约行为，酒店有权要求消费者承担违约责任，包括支付违约金。
三、特殊情况角度
不可抗力因素：
- 如果消费者因不可抗力因素（如自然灾害、政府行为、突发疾病等）无法按时入住，且能够提供相关证明文件，酒店应当考虑给予全额退款或延期入住的优惠，而不应收取违约金。
酒店过错：
- 如果酒店存在过错导致消费者无法入住（如房间设施故障、服务失误等），消费者有权要求酒店承担违约责任并退还已支付的款项，酒店无权收取违约金。
四、建议与操作
预订前确认：
- 消费者在预订酒店时，应仔细阅读退款政策、取消条款等内容，特别是关于违约金的约定，确保自己了解并同意相关条款。
保留证据：
- 消费者应保存好预订凭证、付款记录、沟通记录等证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
及时沟通：
- 如果消费者因特殊原因无法按时入住，应尽早联系酒店协商解决方案，如申请退款、变更入住日期等。
维权途径：
- 如果与酒店协商无果，消费者可以向当地消费者协会或文旅部门反映情况，或通过12315平台维权。必要时，还可以向法院起诉，要求酒店退还已支付的款项并承担相应责任。
总结：酒店商家在消费者未入住就退款的情况下收取违约金是否合法，需根据合同约定、法律规定以及是否存在特殊情况等综合判断。消费者在预订酒店时应仔细阅读相关条款，保留好证据，并在发生纠纷时及时沟通、维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。