结论前置：打卡不上班，老板一般不能扣除所有工资，但具体扣除情况需根据实际缺勤天数、公司规章制度以及劳动合同的约定来确定。

1. 从法律规定角度分析：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 这意味着，即使员工打卡不上班，给公司造成了损失，公司也不能随意扣除所有工资，而是需要遵循一定的比例和最低工资标准。

2. 从公司规章制度角度分析：

   • 公司通常会制定规章制度来规范员工的行为，包括考勤制度。如果规章制度中明确规定了打卡不上班的处理方式，如扣除一定比例的工资或进行其他处罚，那么公司可以按照规章制度来执行。
   • 但需要注意的是，规章制度的制定必须合法、合理，且经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）和公示程序（如张贴在公司公告栏或内部网站上），否则可能被视为无效。

3. 从劳动合同角度分析：

   • 劳动合同是员工和公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了打卡不上班的处理方式，如扣除工资、解除劳动合同等，那么双方应按照劳动合同的约定来执行。
   • 但同样需要注意的是，劳动合同中的约定也必须合法、合理，不得违反法律法规的强制性规定。

4. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，如果因特殊原因无法按时打卡上班，应及时向公司请假或说明情况，以避免不必要的纠纷。
   • 对于公司而言，在处理打卡不上班的情况时，应首先查看公司规章制度和劳动合同中的相关规定，确保处理方式的合法性和合理性。同时，也应与员工进行沟通，了解缺勤的具体原因，以便做出更合理的决策。

举例说明：假设某员工月工资为5000元，因打卡不上班被公司发现。如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了打卡不上班的处理方式为扣除当天工资，且该规定合法有效，那么公司可以扣除该员工当天的工资（假设当天工资为200元）。但如果公司试图扣除该员工所有工资，则可能违反了法律法规的强制性规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

进一步思考：在实际操作中，打卡不上班的情况可能涉及多种因素，如员工是否故意缺勤、是否给公司造成了实际损失等。因此，在处理此类情况时，公司应综合考虑各种因素，确保处理方式的公平性和合理性。同时，员工也应了解自己的权利和义务，积极维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。