在计算加班费时，原则上应按照劳动合同约定的工资标准来计算，但如果实际发放的工资高于合同约定的工资，且能证明该部分为正常工作时间的工资，则应按照实际发放的工资标准来计算加班费。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
同时，根据《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：……（与劳动法第四十四条内容基本一致，此处不再赘述）。
工资标准的确定
合同约定工资：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。其中，工资标准是劳动合同的重要内容之一。
- 在计算加班费时，如果劳动合同中明确约定了工资标准，且该标准不低于当地最低工资标准，那么原则上应按照合同约定的工资标准来计算加班费。
实际发放工资：
- 在实际操作中，有些用人单位可能会根据劳动者的工作表现、业绩等因素，实际发放高于合同约定的工资。
- 如果劳动者能够证明实际发放的工资中，除了合同约定的工资外，其余部分也是其正常工作时间的工资（例如，通过工资条、银行转账记录等证据），那么在计算加班费时，应按照实际发放的工资标准来计算。
特殊情况处理
- 如果劳动合同中约定的工资标准低于当地最低工资标准，那么应按照当地最低工资标准来计算加班费。
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中未约定工资标准，或者约定不明确，那么可以根据劳动者实际获得的工资收入，结合相关证据（如工资条、银行转账记录、同事证言等）来确定工资标准，并据此计算加班费。
实际操作建议
- 保留证据：劳动者应妥善保管与工资相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在发生争议时能够证明自己的工资标准。
- 及时沟通：如果劳动者对加班费的计算有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，寻求解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。