关于不动产证过户与抵押的核心结论：若夫妻将不动产证过户给女方，且男方存在刑事案件，法院能否对该不动产做抵押取决于该不动产是否已被法院查封或涉及其他法律限制，以及过户行为的合法性及时间节点。

详细分析：

• 过户行为的合法性：首先，需要确认夫妻之间将不动产证过户给女方的行为是否合法有效。如果过户行为是在男方刑事案件发生之前，且双方自愿、无欺诈、胁迫等情形，过户行为通常是合法有效的。但如果过户行为发生在男方刑事案件审理过程中，且存在转移财产、逃避债务等嫌疑，该过户行为可能会被法院认定为无效或可撤销。
• 不动产是否被查封或涉及法律限制：如果不动产在过户后因男方的刑事案件被法院查封或涉及其他法律限制（如作为犯罪工具或赃物被扣押），则该不动产无法被抵押。因为抵押的前提是抵押人对抵押物享有完整的处分权，而被查封或涉及法律限制的不动产，其处分权受到限制。
• 抵押的合法性：即使不动产未被查封或涉及法律限制，如果抵押行为本身存在违法情形（如未经其他共有人同意、违反法律法规的强制性规定等），该抵押行为也是无效的。

特殊情况考虑：

• 如果过户行为被认定为无效或可撤销：在这种情况下，不动产可能仍被视为夫妻共同财产或男方的个人财产，法院有权根据案件需要对该不动产进行查封、扣押或拍卖等执行措施，包括抵押（但通常是在执行程序中作为拍卖前的保全措施）。
• 如果男方刑事案件涉及财产刑：如罚金、没收财产等，法院可能会直接对该不动产进行处置，以满足财产刑的执行需要，此时也不存在抵押的问题。

建议：

• 如果女方希望对该不动产进行抵押，应首先确认过户行为的合法性及不动产的法律状态（如是否被查封、涉及法律限制等）。
• 如有必要，可咨询专业律师对过户行为及不动产的法律状态进行审查，以确保抵押行为的合法性和有效性。
• 如果男方刑事案件正在审理中，建议谨慎处理不动产的抵押事宜，以免因涉及案件处理而引发不必要的法律风险。