结论：关于综合工时制下上班12小时是否算作10.5小时（扣除三顿饭各30分钟时间）的问题，这取决于具体的工时计算规定以及劳动合同或公司规章制度的约定，但通常情况下，扣除的吃饭时间不应直接从总工作时间中简单扣除来计算是否合法，而是应关注总工作时间是否超过了法定标准。以下从多个角度进行分析：

1. 综合工时制的基本规定：

   • 综合工时制是一种特殊工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间一般不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。

2. 关于扣除吃饭时间的分析：

   • 吃饭时间是否应计入工作时间，这通常取决于劳动合同或公司规章制度的约定。如果合同或规章制度中明确规定了吃饭时间不计入工作时间，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。
   • 然而，即使扣除吃饭时间，劳动者的总工作时间（包括实际工作时间和扣除的吃饭时间在内的总时长）也不应超过法定标准。例如，如果劳动者实际工作了9小时，加上扣除的1.5小时吃饭时间，总时长为10.5小时，这本身并不直接说明是否合法，关键在于这10.5小时是否是在一个合理的综合计算周期内，并且平均每日或每周的工作时间没有超过法定标准。

3. 加班时间的限制：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 如果劳动者的总工作时间（包括加班时间）超过了上述限制，那么用人单位可能构成违法延长工作时间，需要承担相应的法律责任。

4. 具体案例分析：

   • 假设一个劳动者在综合工时制下，一个工作日内实际工作了9小时，加上三顿饭各30分钟（共1.5小时）的扣除时间，被记录为工作10.5小时（但这里10.5小时是包含了扣除时间的总时长表述，实际计算合法性时应看实际工作时间9小时是否超标）。如果该劳动者在一个综合计算周期内（如一周）的平均每日工作时间没有超过8小时，且总加班时间没有超过每月36小时的限制，那么这种工作安排可能是合法的。
   • 但如果劳动者经常需要工作超过8小时，并且加班时间频繁超过法定限制，那么这种工作安排就可能构成违法。

建议：

• 劳动者应仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解关于工作时间和加班时间的具体规定。
• 如果认为自己的工作时间或加班时间超过了法定标准，可以向用人单位提出异议，并要求用人单位进行调整。
• 如果用人单位拒绝调整或存在其他违法行为，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

计算公式（以判断是否超过每日法定工作时间为例）：

• 实际工作时间 = 总时长（包括工作与吃饭时间） - 扣除的吃饭时间
• 判断：若实际工作时间 > 8小时，则可能构成违法延长工作时间（需考虑综合计算周期内的平均工作时间）。

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