关于公司是否可以不通过员工同意直接查询学历的问题，这主要涉及到个人隐私保护和公司管理权限的平衡。

首先，我们要明确的是，学历信息属于员工的个人隐私范畴。在大多数情况下，公司或任何其他机构在未经员工明确同意的情况下，是无权直接查询或获取其学历信息的。这是因为个人隐私受到法律的保护，任何侵犯个人隐私的行为都可能构成违法。

然而，也有一些特殊情况需要注意。例如，在招聘过程中，公司通常会要求应聘者提供学历证明作为入职条件之一。在这种情况下，应聘者需要主动提供学历信息，并可能需要进行学历验证。但这种验证通常是在应聘者同意并配合的情况下进行的，且公司应确保学历验证的合法性和正当性。

另外，如果公司因为工作需要（如晋升、调岗等）需要核实员工的学历信息，也必须事先获得员工的明确同意，并遵循相关的法律法规和公司内部规定。公司不能仅凭自己的管理权限或猜测就擅自查询员工的学历信息。

如果公司未经员工同意擅自查询其学历信息，员工有权向公司提出异议，并要求公司停止这种侵权行为。如果公司不予理会或继续侵权，员工还可以向相关部门（如劳动监察部门、隐私保护机构等）投诉或寻求法律帮助。

综上所述，公司不能不通过员工同意直接查询其学历信息。公司应尊重员工的个人隐私权，并在需要获取员工学历信息时，事先获得员工的明确同意，并遵循相关的法律法规和公司内部规定。