客运线路车辆收购补偿款挂靠的公司一般无权扣留。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律角度
挂靠关系的法律性质：挂靠经营现象中，“挂靠者”（个体运输业户、自然人）依附于“被挂靠者”（经济实体、企业法人），对外以“被挂靠者”的名义从事经营活动。但车辆的实际所有权通常归属于挂靠者，挂靠者只是将车辆登记在被挂靠单位名下，以便进行运营，并支付一定的管理费用。因此，从法律上讲，车辆收购补偿款应归属于车辆的实际所有者，即挂靠者。
民事权利的保护：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体不得滥用民事权利损害国家利益、社会公共利益或者他人合法权益。挂靠公司无权随意扣留属于挂靠者的车辆收购补偿款，否则将构成对挂靠者合法民事权益的侵犯，挂靠者有权要求挂靠公司承担侵权责任。
实际操作角度
合同约定：在挂靠协议中，双方应明确约定车辆收购补偿款的归属和处理方式。如果协议中有明确约定，则应按照协议执行。但通常情况下，挂靠协议中不太可能约定挂靠公司有权扣留车辆收购补偿款，因为这不符合挂靠关系的本质和法律原则。
协商与诉讼：如果挂靠公司试图扣留车辆收购补偿款，挂靠者可以首先尝试与挂靠公司进行协商，寻求和解。如果协商无果，挂靠者可以向人民法院提起诉讼，要求挂靠公司返还被扣留的补偿款，并承担相应的法律责任。
风险提示
挂靠风险：挂靠经营本身存在一定的法律风险，如挂靠公司可能利用挂靠关系进行违法活动，或者挂靠者可能因挂靠公司的行为而承担连带责任。因此，在选择挂靠公司时，挂靠者应谨慎选择，并签订详细的挂靠协议，明确双方的权利和义务。
证据保留：在处理车辆收购补偿款问题时，挂靠者应保留好相关证据，如挂靠协议、车辆登记证书、收购合同等，以便在需要时证明自己的权益。
建议：如果挂靠公司试图扣留您的客运线路车辆收购补偿款，您应首先查看挂靠协议中的相关约定，并与挂靠公司进行协商。如果协商无果，您可以考虑向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。