针对您提出的“一个公司查到旁系亲属怎么处理”的问题，这通常涉及到公司内部管理、廉洁纪律以及可能的法律后果。以下是我根据相关法规和案例，为您提供的详细解答：

一、公司内部管理层面

1. 核实情况：

   • 公司首先需要核实旁系亲属与公司之间的具体关系，包括是否存在业务往来、利益输送等。
   • 调查旁系亲属是否利用公司资源或影响力谋取私利。

2. 制定政策：

   • 公司应制定明确的亲属回避政策，规定员工不得利用亲属关系谋取不正当利益。
   • 对于涉及亲属关系的业务往来，应建立严格的审批和监督机制。

3. 采取措施：

   • 如果发现旁系亲属存在违规行为，公司应根据情节轻重，采取警告、罚款、解除合同等措施。
   • 对于涉及严重违规或违法的行为，公司应立即向相关部门报告，并配合调查。

二、廉洁纪律层面

1. 党员领导干部的责任：

   • 如果旁系亲属涉及的是党员领导干部，且该领导干部存在纵容、默许或利用职权为亲属谋取利益的行为，这违反了廉洁纪律。
   • 根据《中国共产党纪律处分条例》的相关规定，该领导干部可能面临党内警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等处分。

2. 具体案例分析：

   • 以您提供的案例为例，如果党员领导干部明知旁系亲属利用其职权或职务上的影响谋取私利，未予制止、纠正，甚至亲自审批相关合同，这将构成利用职权或职务上的影响为亲属谋取利益的行为。
   • 如果该行为导致公司利益遭受重大损失，还可能构成犯罪，如为亲友非法牟利罪。

三、法律后果层面

1. 民事责任：

   • 如果旁系亲属的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求其承担民事赔偿责任。

2. 刑事责任：

   • 如果旁系亲属的行为构成犯罪，如受贿罪、非法经营同类营业罪等，将依法追究其刑事责任。
   • 对于党员领导干部，如果其知情并参与分配贿赂，数额较大，也将构成受贿罪。

四、建议与措施

1. 加强内部监督：

   • 公司应建立健全内部监督机制，加强对员工行为的监督和管理。
   • 定期对员工进行廉洁教育和培训，提高员工的廉洁意识和法律意识。

2. 完善制度建设：

   • 公司应完善相关制度，明确亲属回避政策、业务审批流程等，防止类似情况再次发生。

3. 及时报告与配合调查：

   • 如果发现旁系亲属存在违规行为，公司应及时向相关部门报告，并配合调查工作。

综上所述，公司查到旁系亲属涉及违规行为时，应从公司内部管理、廉洁纪律、法律后果等多个层面进行处理。同时，加强内部监督、完善制度建设、及时报告与配合调查等措施也是必不可少的。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。