针对您提出的问题，即“企业后来变更法人与员工存在旁系亲属从事了业务往来，员工自身不知情况怎么处理”，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确几个核心点：企业法人变更的法律意义、旁系亲属从事业务往来的性质，以及员工不知情的影响。
企业法人变更的法律意义：
- 企业法人变更通常涉及公司架构、股权结构或管理层的变动，是公司内部的重要事务。
- 法人变更后，公司的法律责任、义务和权利也随之转移给新的法人实体。
旁系亲属从事业务往来的性质：
- 旁系亲属与公司之间的业务往来，如果涉及利益输送、不正当竞争或损害公司利益，可能构成法律问题。
- 如果业务往来是正当的、公平的，且没有违反任何法律法规或公司规定，则通常是合法的。
员工不知情的影响：
- 员工如果不知情，且没有参与任何不当行为，通常不会承担法律责任。
- 但如果员工因不知情而未能履行其职责（如监督、报告等），可能需要根据具体情况评估其责任。
基于以上分析，我建议采取以下措施：
了解详细情况：
- 首先，员工应尽快了解企业法人变更的具体情况和旁系亲属与公司业务往来的详细情况。
- 这包括查阅公司文件、合同、交易记录等，以获取全面、准确的信息。
评估法律风险：
- 在了解详细情况后，员工应评估自己是否涉及任何法律风险。
- 如果发现存在不当行为或潜在的法律问题，应及时向公司管理层或相关部门报告。
寻求专业意见：
- 如果员工对法律风险评估不确定，或担心自己的权益受到侵害，可以寻求专业律师的意见。
- 律师可以帮助员工分析具体情况，提供法律建议，并协助处理可能的法律问题。
遵守公司规定和法律法规：
- 无论员工是否知情，都应严格遵守公司的规定和法律法规。
- 如果发现任何违规行为或不当行为，应及时制止并报告。
保护自身权益：
- 如果员工因企业法人变更或旁系亲属与公司业务往来而受到不公正对待或权益受损，可以依法维护自己的权益。
- 这包括向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等。
总之，员工在得知企业法人变更和旁系亲属与公司业务往来的情况后，应尽快了解详细情况、评估法律风险、寻求专业意见，并严格遵守公司规定和法律法规。如果权益受损，应依法维护自己的权益。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。