针对您提出的“违规经商办企业法定代表人是其直系亲属的怎么处理”这一问题，我们可以从《中国共产党纪律处分条例》及相关规定出发，进行详细解答。

首先，需要明确的是，如果党员领导干部的直系亲属（如配偶、子女及其配偶）在其管辖的地区和业务范围内从事可能影响其公正执行公务的经营活动，或者有其他违反经商办企业禁业规定的行为，这构成了对党员领导干部职务行为廉洁性的潜在侵害，即使领导干部本人没有直接利用职权谋取私利，也应当予以规范和处理。

处理原则与步骤：

1. 纠正与报告：

   • 纪检监察机关在发现此类问题时，首先应当责令党员领导干部予以纠正。这包括督促其直系亲属停止违规经商办企业行为，或者调整经营范围、退出相关企业等。
   • 党员领导干部有义务及时向上级组织报告此类情况，并采取措施进行纠正。

2. 职务调整：

   • 如果党员领导干部拒不纠正其直系亲属的违规经商办企业行为，纪检监察机关可以按照干部管理权限履行报批程序后，提出由党员领导干部辞去现任职务，或者由组织部门予以调整职务的处理建议。

3. 纪律处分：

   • 如果党员领导干部既不纠正其直系亲属的违规行为，也不辞去现任职务或者不服从组织调整职务，那么应当给予其撤销党内职务处分。这是对拒不改正违规行为的严厉惩处。

注意事项：

• 利益处置：对于违规经商办企业所获利益，如果党员领导干部利用职权或者职务上的影响，或者纵容、默许其直系亲属利用本人职权或者职务上的影响谋取私利，相关盈利应当作为违纪所得予以收缴。
• 避免重复评价：在处理过程中，要注意避免对同一行为进行重复评价。例如，如果党员领导干部已经因为隐瞒不报告违规经商办企业的情况而受到处分，那么在处理其直系亲属违规经商办企业的问题时，就不应再将隐瞒不报告的行为作为新的违纪事实进行处分。

实践建议：

• 党员领导干部应加强对家属的教育和约束，确保他们不从事可能影响自己公正执行公务的经营活动。
• 各地区各单位应根据实际情况，细化完善领导干部配偶、子女及其配偶经商办企业的禁业范围，以提供更明确的指导。

综上所述，对于违规经商办企业法定代表人是其直系亲属的情况，应依据《中国共产党纪律处分条例》及相关规定进行严肃处理，以确保党员领导干部职务行为的廉洁性和社会主义市场经济的公平秩序。