针对您提出的“国企三代旁系血亲已入职的怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，虽然您提到的是“国企”，但相关回避制度在党政机关及事业单位中有较为明确的规定，国企在人事管理上往往会参照或借鉴这些规定来确保公平公正。以下是根据相关党政领导干部任职回避制度及事业单位人事管理回避规定，给出的详细解答：
一、三代旁系血亲的定义
三代以内旁系血亲关系，指的是同源于祖父母、外祖父母的三代以内，除父母直系血亲以外的，与自己有间接血亲关系的亲属。这包括伯叔姑舅姨、兄弟姐妹、堂兄弟姐妹、表兄弟姐妹、侄子女、甥子女等。
二、国企中的回避原则
在国企中，虽然具体的回避规定可能因企业性质、规模及地方政策而有所不同，但通常会遵循以下原则来确保人事管理的公平公正：
岗位回避：有上述三代旁系血亲关系的员工，不得在同一部门或单位内担任具有直接上下级领导关系的管理岗位，也不得在其中一方担任领导职务的部门从事组织（人事）、纪检（监察）、审计、财务等关键岗位工作。
履职回避：在涉及招聘、考核、晋升、奖惩等关键履职活动中，有上述亲属关系的员工应当回避，不得参与相关决策过程，以确保决策的公正性。
三、具体处理措施
对于已入职的国企三代旁系血亲员工，如果发现他们之间存在需要回避的岗位或履职关系，企业通常会采取以下措施：
调整岗位：将其中一方或双方调整至不违反回避原则的岗位，以确保工作的正常进行和人事管理的公平公正。
制定特殊政策：在特殊情况下，如因地域、专业、工作性质等因素难以执行回避政策时，企业可能会制定特殊政策或申请上级部门批准，以灵活处理回避问题。
加强监督与管理：企业应加强对人事管理回避制度的监督与执行，确保所有员工都遵守相关规定，对于违反规定的行为应及时纠正并给予相应处理。
四、建议与注意事项
主动报告：员工应主动报告自己与同事之间的三代旁系血亲关系，以便企业及时采取措施避免违反回避原则。
了解政策：员工应了解并遵守企业的人事管理回避制度，确保自己的职业行为符合规定。
积极沟通：如果员工发现自己或同事可能违反回避原则，应及时与企业人事部门沟通，寻求解决方案。
综上所述，国企在处理三代旁系血亲已入职的问题时，通常会遵循岗位回避和履职回避的原则，通过调整岗位、制定特殊政策或加强监督与管理等措施来确保人事管理的公平公正。