针对您公司出现两枚公章的情况，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为这涉及到公司的管理和法律风险。以下是我为您详细梳理的应对策略和建议：
一、法律风险分析
合法性问题：
- 正常情况下，公司应仅持有一枚经公安机关备案的公章，这枚公章具有最高的法律效力。
- 未经备案私自刻制多枚公章可能涉嫌违法，根据相关法律法规，这种行为可能会受到行政处罚，甚至可能涉及刑事责任。
法律效力问题：
- 备案公章在各类民事法律行为、经济往来、诉讼活动中具有当然的法律效力。
- 未经备案的公章，其效力认定复杂。如果相对人有合理理由相信该公章代表公司意思表示，或者公司进行了追认，那么该公章可能被认定为有效；否则，可能不对公司具有约束力。
管理混乱与法律责任不清：
- 多枚公章可能导致公司内部管理混乱，文件、合同等法律文件不一致，难以追踪和管理。
- 在法律纠纷中，多枚公章可能导致责任归属不明确，难以追究相关人员的法律责任。
欺诈风险：
- 多枚公章增加了被不法分子盗用或滥用的风险，可能被用于签署虚假合同、伪造文件等违法行为，给公司带来重大损失。
二、建议措施
统一公章管理：
- 公司应立即建立严格的公章管理制度，明确仅持有一枚合法有效的公章（或明确少数几枚公章的具体用途和使用权限）。
- 公章应由专门的部门或人员负责保管和使用，并登记每次使用的详细情况，包括使用时间、使用事项、使用人等，以便追踪和管理。
加强内部控制：
- 确保公章的使用符合公司的授权和审批流程，对于需要使用公章的文件或合同，应经过相关部门或人员的审核和批准。
- 通过内部控制措施，如设置使用权限、审批流程等，防止公章的滥用和盗用。
法律风险防范：
- 在使用公章时，应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保公章的使用合法合规。
- 对于重要的法律文件，建议咨询专业律师进行审查和指导，以确保其合法性和有效性，避免潜在的法律风险。
定期审计与检查：
- 定期对公章的使用情况进行审计和检查，及时发现和纠正存在的问题，如未经授权的使用、滥用等。
- 对于违反公章管理制度的行为，应依法依规进行处理，以维护公司的合法权益和交易安全。
及时清理与备案：
- 对于不再使用的公章，应及时按照规定程序进行销毁，并办理相关备案注销手续，避免被不法分子利用。
- 如果有新的业务用章需要启用，要确保依法依规进行备案，确保公章的合法性和有效性。
综上所述，公司持有两枚或以上公章存在诸多管理和法律风险。为避免这些风险，公司应立即采取统一公章管理、加强内部控制、防范法律风险以及定期审计与检查等措施，确保公章的合法、有效和安全使用。希望这些建议能对您有所帮助。