结论前置：农村老宅基地发放了不动产权证后，能否合法修建房顶，需分情况讨论，具体如下：

1. 若原房屋结构完整，仅对房顶进行修缮或翻新：

   • 合法性分析：根据《城乡规划法》及地方性宅基地管理规定，在宅基地使用权范围内，对原有房屋进行不改变主体结构、不扩大建筑面积的修缮或翻新（包括房顶），通常无需重新办理规划许可，但需符合当地关于房屋修缮的具体要求（如高度、材质等）。例如，若原房顶为瓦片结构，更换为相同材质的瓦片，一般无需审批；但若将平顶改为坡顶或增加层高，可能涉及规划变更，需提前申请。
   • 操作建议：修缮前建议向村委会或乡镇政府咨询当地具体政策，确认是否需要备案或提交材料，避免因程序瑕疵被认定为违建。

2. 若原房屋已倒塌或拆除，需在宅基地上重建房顶（即新建房屋）：

   • 合法性分析：根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且新建、改建、扩建房屋需符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划。即使持有不动产权证，重建房屋仍需向乡镇政府申请乡村建设规划许可证，未取得许可擅自建设的，可能被认定为违法建筑，面临限期拆除、罚款等处罚。
   • 操作建议：重建前务必办理规划许可，并确保建筑面积、层高、风貌等符合当地规定。例如，部分地区要求新建房屋层数不超过3层、建筑面积不超过350平方米，需严格遵守。

3. 若涉及宅基地面积超标或权属争议：

   • 合法性分析：若宅基地实际面积超过不动产权证登记面积，或存在与邻里、集体的权属争议，即使原房屋有房顶，新建或修缮也可能被禁止。例如，宅基地边界不清导致修缮时占用公共空间，可能引发纠纷。
   • 操作建议：先通过协商、调解或诉讼解决权属争议，确认宅基地范围后再进行建设；若面积超标，需按当地政策处理（如补缴费用、退还超标部分等）。

总结：不动产权证是宅基地使用权和房屋所有权的合法证明，但能否修建房顶需结合房屋现状、建设性质（修缮或新建）、规划许可及权属情况综合判断。建议操作前咨询当地自然资源部门或乡镇政府，确保程序合法，避免风险。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我提问。