在持有中华人民共和国不动产证且经批准的农村宅基地上建房是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性依据
- 《中华人民共和国土地管理法》第六十二条：明确规定农村村民建住宅应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。同时指出，农村村民住宅用地需由乡（镇）人民政府审核批准；若涉及占用农用地，还需依照该法第四十四条的规定办理审批手续。这意味着，只要按照规定程序获得批准，在宅基地上建房就是合法的。
- 《村庄和集镇规划建设管理条例》第十八条：进一步规定，农村村民在村庄、集镇规划区内建住宅的，应先向村集体经济组织或村民委员会提出建房申请，并经村民会议讨论通过后，按照相关审批程序办理。这也强调了建房前需要履行审批手续的合法性要求。
合法建房的具体流程
- 提出申请：农村村民需要向村集体经济组织或村民委员会提出建房申请，说明建房的原因、位置、面积等信息。
- 村民会议讨论：申请提出后，需要经过村民会议讨论通过。这是为了确保建房行为符合村庄的整体利益和规划。
- 审批程序：
- 如果需要使用耕地，需经乡级人民政府审核、县级人民政府建设行政主管部门审查同意并出具选址意见书后，方可依照《土地管理法》向县级人民政府土地管理部门申请用地，经县级人民政府批准后，由县级人民政府土地管理部门划拨土地。
- 如果使用原有宅基地、村内空闲地和其他土地，则由乡级人民政府根据村庄、集镇规划和土地利用规划批准。
未经批准建房的法律后果（反面说明合法性重要性）
- 责令停止建设、限期改正：依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，对于在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按照许可证规定进行建设的行为，乡、镇人民政府将责令停止建设、限期改正。
- 拆除违规建筑：若未经批准建房的行为严重影响到乡村规划，且无法通过改正措施消除影响，相关部门可能会采取强制拆除措施。拆除费用通常由建房者自行承担。
- 无法办理产权登记：未经批准建造的新房，因缺乏合法的审批手续，不动产登记机构不会为其办理不动产权证书。这将导致建房者对房屋的权益得不到法律的有效保障，进而在房屋交易、继承、抵押等方面面临诸多障碍。
实际处理中的灵活性（补充说明）
尽管法律规定了严格的审批程序和法律责任，但在实际处理中，相关部门可能会综合考虑多种因素，如建房的时间、原因、是否符合规划等，对未经批准建新房的情况采取相对灵活的处理方式。特别是针对历史遗留问题或存在合理客观原因的情况，可能会有更为宽容的处理结果。但这并不意味着可以忽视审批程序，合法建房始终是保障自身权益的最佳选择。
如果你打算在农村宅基地上建新房，务必确保已经按照规定程序获得了批准。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。