有建设许可证的农村房子一般具有一定合法性，但不能绝对判定完全合法。建设许可证是建房过程中重要的合法凭证之一，它表明建房者已获得相关部门的许可，在一定程度上遵循了建设规划、用地等方面的规定。然而，房子的合法性还受其他多方面因素影响，以下从几个关键角度为您详细分析：

一、土地使用方面

即便拥有建设许可证，若建房土地来源不合法，如未经合法征收的集体土地、擅自改变土地用途等，房子仍可能被视为不合法。例如，若在未经批准的农用地上建房，即使取得了建设许可证，也可能因违反土地管理法规而面临处罚。因此，在确认房子合法性时，必须核实土地使用的合法性。

二、施工合规性

施工过程需严格按建设许可证规定的内容进行。若存在超面积建设、擅自改变建筑结构等违反许可内容的行为，房子也可能面临合法性问题。比如，建设许可证上明确规定了房屋的层数和面积，但实际建设过程中超出了这些限制，那么房子就可能被视为违法建筑。

三、规划与审批程序

在农村建房，除了需要建设许可证外，还需符合当地的城乡规划、土地利用总体规划等。建房的位置、面积、层数等都要在规划许可范围内。此外，还需向相关部门提出建房申请，经审核批准后，才可动工建房。未经批准擅自建房，可能会被认定为违法建筑，面临拆除等处罚。

四、具体案例与法规依据

以农村宅基地建房为例，国家对于农村建房的管控很严，有“六不准”的规定，其中包括不准随意多层修建、不准超面积标准建造、不准随意翻修农房、不准建在规划区域外、不准擅自改变用途、不准未批先建等。这些规定都是为了保障农村建房的合法性和规范性。若违反这些规定，即使拥有建设许可证，房子也可能被视为不合法。

法律建议：

1. 核实土地使用合法性：在确认房子合法性时，务必核实土地使用的合法性，包括土地来源、土地用途等。
2. 严格遵守施工规定：施工过程中需严格按建设许可证规定的内容进行，避免超面积建设、擅自改变建筑结构等行为。
3. 遵循规划与审批程序：建房前需了解并遵循当地的城乡规划、土地利用总体规划等，向相关部门提出建房申请，经审核批准后再动工建房。

若您在农村有建设许可证的房子方面遇到任何法律问题，或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。