出资人一般不能直接起诉公司员工侵占的借款，但需根据具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
一、法律关系角度
- 出资人与公司：出资人与公司之间主要存在投资关系，出资人将资金投入公司，成为公司的股东（或投资人），享有相应的股东权利。公司作为独立的法人主体，以其全部财产对公司的债务承担责任。
- 公司与员工：公司与员工之间是劳动关系，员工基于劳动合同为公司提供劳动服务，公司向员工支付工资等报酬。如果员工侵占公司借款，这属于员工与公司之间的内部纠纷，涉及到员工的职务行为或违法行为。
- 出资人与员工：出资人与员工之间一般没有直接的法律关系。除非出资人能够证明员工的行为直接损害了其作为股东的合法权益，且这种损害与员工侵占借款的行为存在直接的因果关系，但这种情况在实践中较为少见。
二、诉讼主体角度
- 公司作为诉讼主体：当公司员工侵占公司借款时，公司是直接的受害者，有权以自己的名义向法院提起诉讼，要求员工返还侵占的借款并承担相应的法律责任。这是基于公司对其财产的所有权和经营管理权。
- 出资人作为诉讼主体的限制：出资人作为公司的股东，一般不能直接以自己的名义起诉公司员工。因为股东的权利主要是通过公司来行使的，股东不能直接干预公司的日常经营管理活动，包括对员工侵占借款行为的直接诉讼。但是，如果公司怠于行使诉讼权利，损害了股东的利益，股东可以依据《公司法》的相关规定，提起股东代表诉讼。
三、股东代表诉讼角度
- 股东代表诉讼的条件：根据《公司法》的规定，当公司的董事、监事、高级管理人员或者他人侵犯公司合法权益，给公司造成损失，而公司怠于行使诉讼权利时，符合条件的股东可以为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
- 出资人提起股东代表诉讼的流程：
- 前置程序：出资人需要先书面请求公司监事会（或不设监事会的有限责任公司的监事）向人民法院提起诉讼；如果监事会、监事收到书面请求后拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起三十日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，出资人有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
- 诉讼主体：出资人作为原告，侵占公司借款的员工作为被告，公司作为第三人参加诉讼。
- 诉讼请求：出资人可以要求员工返还侵占的借款，并赔偿公司因此遭受的损失。
四、建议
- 收集证据：如果出资人怀疑公司员工侵占借款，应首先收集相关证据，如借款合同、转账记录、员工侵占的证据等，以便在必要时维护公司的合法权益。
- 与公司沟通：出资人可以与公司管理层沟通，了解公司对员工侵占借款行为的态度和处理方式，督促公司及时采取措施维护自身权益。
- 咨询专业律师：如果情况复杂或涉及金额较大，出资人可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼策略，以便更好地维护公司和自身的合法权益。
如果你有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供更详细的法律建议。