员工侵占个体工商户资金，个体工商户是可以起诉民事案件的。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 侵占资金数额未达到刑事立案标准时：

   • 如果员工侵占的资金数额未达到职务侵占罪的立案标准（通常为三万元以上），那么该行为一般不构成刑事犯罪。但个体工商户作为受害方，有权通过民事诉讼途径来维护自己的合法权益。
   • 个体工商户可以向法院提起诉讼，要求员工返还侵占的资金，并可能根据实际情况要求员工赔偿因侵占行为造成的损失，如利息损失、经营损失等。

2. 侵占资金数额达到刑事立案标准时：

   • 如果员工侵占的资金数额达到或超过职务侵占罪的立案标准，并且有证据证明员工利用职务便利非法占有资金，那么公安机关通常会立案处理。
   • 在刑事诉讼过程中，个体工商户可以作为被害人参与诉讼，要求追究员工的刑事责任，并可能提起附带民事诉讼，要求员工返还侵占的资金及赔偿损失。
   • 同时，即使刑事诉讼已经进行，个体工商户仍然有权就民事赔偿部分单独提起诉讼，或者在刑事诉讼中一并解决民事赔偿问题。

3. 民事诉讼的流程与要点：

   • 个体工商户在提起民事诉讼时，需要准备充分的证据来证明员工侵占资金的事实，如银行流水记录、员工签字确认的收款凭证、财务账目等。
   • 诉讼过程中，个体工商户需要遵循法院的诉讼程序，包括提交起诉状、参加庭审、进行辩论等。
   • 如果法院最终判决员工返还侵占资金并赔偿损失，但员工拒不履行判决，个体工商户可以向法院申请强制执行。

综上所述，无论员工侵占个体工商户资金的数额是否达到刑事立案标准，个体工商户都有权通过民事诉讼途径来维护自己的合法权益。如有进一步法律问题，可以直接向我咨询。