在运输合同中，当货物因运输过程中的损耗超过正常范围而需要赔偿时，赔偿的确定应遵循以下原则和步骤，以确保赔偿的公正性、合理性和合法性：

一、合同约定优先

首先，应仔细审查运输合同中是否有关于货物损耗赔偿的明确约定。如果合同中有明确的赔偿条款，如按照货物价值的一定比例进行赔偿，或支付固定的赔偿金额，那么双方应严格按照合同约定执行。这些约定是双方自愿达成的，具有法律约束力。

二、无约定或约定不明时的处理

如果运输合同中没有明确的赔偿约定，或者约定不明确，那么赔偿金额的确定应参照以下原则：

1. 市场价格计算：

   • 赔偿金额应参照货物在损坏或损耗时的市场价格来计算。这通常包括交付时或应当交付时货物到达地的市场价格。例如，如果货物因承运人的原因延误交付并在此期间发生损耗，那么赔偿应以约定交付时的市场价格为准。

2. 其他合理方式：

   • 如果货物没有直接的市场价值，或者市场价格难以确定，那么可以通过其他合理的评估方法来估算赔偿金额。这可能包括考虑货物的成本、折旧率、使用价值等因素。

三、综合考虑相关因素

在确定赔偿金额时，还需综合考虑与货物运输有关的其他因素，这些因素可能影响最终的赔偿数额：

1. 运费：

   • 运费是货物运输过程中产生的费用，如果货物因损耗而需要赔偿，那么运费是否应计入赔偿金额中，或者是否应从赔偿金额中扣除，需要根据合同约定和实际情况来判断。

2. 保险费：

   • 如果托运人为货物购买了保险，那么在货物发生损耗时，保险公司可能会根据保险条款进行赔付。在这种情况下，赔偿金额的确定应考虑保险赔付的情况，避免重复赔偿。

3. 额外费用：

   • 因货物损耗而产生的额外费用，如处理损耗货物的费用、重新采购货物的费用等，也应纳入赔偿范围的考虑之中。

四、法律、行政法规的规定

在确定赔偿金额时，还需遵守相关法律、行政法规的规定。某些特殊货物或特定运输领域，法律法规可能有专门的赔偿计算方法和限额规定。例如，在航空运输中，货物的赔偿责任限额就有明确规定。因此，在处理运输合同中的货物损耗赔偿问题时，必须仔细审查相关法律法规，确保赔偿金额的确定符合法律要求。

五、实际操作建议

1. 及时采取措施：

   • 托运人或收货人在发现货物损耗后，应及时采取合理措施防止损失扩大。否则，对于扩大部分的损失，承运人可能不承担赔偿责任。

2. 保险理赔：

   • 如果托运人为货物购买了足额保险，在货物发生损耗后，应及时向保险公司申请理赔，以减轻自身损失。

3. 法律途径解决争议：

   • 如果双方无法就赔偿金额达成一致意见，可以寻求法律途径来解决争议。这包括通过和解、调解、仲裁或诉讼等方式来维护自身权益。

综上所述，运输合同中货物损耗超过正常范围的赔偿问题应首先依据合同约定处理；无约定或约定不明时，参照市场价格或其他合理方式计算赔偿金额，并综合考虑运费、保险费等相关因素；同时遵守法律、行政法规的规定；最后，如果双方无法达成一致意见，可以通过法律途径解决争议。