在运输合同中，如果货物受损，物流公司的赔偿方式主要依据以下几个方面来确定：

一、合同约定

首先，赔偿应依据运输合同中的明确约定。如果合同中详细列出了货物损坏的赔偿方法、具体数额或计算比例，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应严格按照合同约定来执行赔偿。例如，合同中可能明确规定了按照货物价值的一定比例（如80%）进行赔偿，或者支付一个固定的违约金（如5000元）。

二、无约定或约定不明

如果合同中没有明确的赔偿条款，或者条款约定不明确，那么赔偿金额通常会参照货物损坏时的市场价格或其他合理的评估方法来计算。这包括考虑货物在交付时或应当交付时的市场价格，以及因损坏而产生的其他相关费用，如运费、保险费等。如果货物没有直接的市场价值，可以通过考虑货物的成本、折旧率等因素来合理估算赔偿金额。

三、综合考虑相关因素

在确定赔偿金额时，还需要综合考虑与货物运输有关的其他因素。例如，运费、保险费以及因货物损坏而产生的额外处理费用等，这些都可能影响最终的赔偿数额。

四、法律、行政法规的规定

对于某些特殊货物或特定运输领域，法律法规可能有专门的赔偿规定。例如，在航空运输中，货物的赔偿责任限额就有明确的规定。因此，在确定赔偿金额时，必须遵守这些法律、行政法规的相关规定。

五、保险理赔

如果托运人为货物购买了保险，那么在货物损坏后，应首先向保险公司申请理赔。保险公司会根据保险条款的约定进行赔付。如果保险公司的赔付不足以覆盖全部损失，那么剩余部分可能需要由物流公司来承担，具体责任划分需根据合同和法律来确定。

六、维权途径

如果双方无法就赔偿金额达成一致，托运人或收货人可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，可以向物流行业协会、消费者协会等第三方机构投诉，请求调解；也可以申请仲裁或向法院起诉，通过法律程序来解决争议。

综上所述，物流货物损坏的赔偿标准是一个综合考虑多个因素的过程，包括合同约定、市场价格、相关费用、法律法规以及保险理赔等。在实际操作中，建议托运人或收货人在发现货物损坏后，及时采取措施防止损失扩大，并收集好相关证据以便后续维权。