在运输合同中，违约责任的损害赔偿标准是一个关键且复杂的问题，它直接关系到合同双方的权益。以下是对运输合同违约责任损害赔偿标准的详细解答：
一、合同约定优先原则
首先，运输合同中违约责任的损害赔偿标准应优先遵循合同双方的约定。如果合同中明确规定了违约金的具体数额或计算方法（例如，每逾期一天支付合同总金额的一定比例作为违约金），那么在发生违约时，应严格按照合同约定的标准进行计算和支付。但需要注意的是，这种约定必须不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，否则将不会得到法律的支持。
二、无约定或约定不明确时的处理
如果运输合同中没有明确约定违约责任的损害赔偿标准，或者约定不明确，那么应依据因违约造成的实际损失来计算赔偿金额。这包括直接损失（如货物损坏、灭失的价值）和间接损失（如因延迟交货导致的额外费用、利润损失等）。
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若当事人对货物的毁损、灭失赔偿额没有约定或约定不明确，且依据合同相关条款或交易习惯仍不能确定，则应按照交付或应当交付时货物到达地的市场价格计算赔偿金额。
三、违约金的合理性判断
无论是合同约定还是基于实际损失计算的赔偿金额，都应确保违约金的合理性。约定的违约金不能过高也不能过低。过高的违约金可能被人民法院或仲裁机构适当减少，而过低的违约金则可以由受损害方向人民法院或仲裁机构请求增加。
判断违约金是否“过分高于”或“过分低于”实际损失，一般应以实际损失为基础进行考量。实际损失包括直接损失和履行利益损失，即因违约行为导致的预期利益损失。
四、其他注意事项
证据收集：在确定具体的赔偿标准时，需要综合考虑各种因素，并涉及大量的证据收集工作。这包括证明损失的实际情况、违约行为与损失之间的因果关系等。
继续履行：如果合同双方约定了迟延履行的违约金，那么违约方在支付违约金后，通常还需要继续履行债务。这是为了确保合同的全面履行，保护守约方的合法权益。
主张其他损失：守约方除了可以主张违约金外，还可以主张因违约行为所遭受的其他损失，并要求违约方予以赔偿。但这需要提供充分的证据证明这些损失的存在和与违约行为的因果关系。
五、建议与总结
在签订运输合同时，双方应明确约定违约责任的相关条款，包括违约金的数额或计算方法、赔偿范围等。这有助于减少日后可能发生的纠纷，并保护双方的合法权益。
综上所述，运输合同违约责任的损害赔偿标准应严格遵循合同约定或法律规定，以确保合同双方的合法权益得到公平合理的保护。在处理违约责任时，应综合考虑各种因素，包括合同约定、实际损失、违约金的合理性等，并依据相关法律法规进行判断和处理。