公司更改法人后，电子营业执照的签名应当由新法人进行签署。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法人变更的法律效力

根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司法人的变更意味着公司代表权的转移。新法人一旦完成工商变更登记，即取得公司的法定代表人身份，有权代表公司行使各项权利，包括签署文件、合同等。因此，从法律效力的角度来看，电子营业执照的签名应当由新法人进行。

二、电子营业执照的性质与使用

电子营业执照是公司营业执照的电子版本，具有与纸质营业执照同等的法律效力。它作为公司合法经营的凭证，其签署行为应当反映公司当前的法定代表人身份。在公司法人变更后，若继续使用原法人的签名，将可能导致法律上的混淆和纠纷，不利于公司正常运营和法律风险的防范。

三、实际操作中的注意事项

1. 及时更新电子营业执照信息：在公司法人变更后，应及时向相关部门申请更新电子营业执照信息，确保电子营业执照上的法定代表人信息与实际情况一致。
2. 新法人签署文件的合法性：新法人签署电子营业执照相关文件时，应确保其签署行为符合法律法规和公司章程的规定，避免因签署行为不当而引发的法律风险。
3. 内部流程与制度完善：公司应完善内部流程和制度，明确法人变更后电子营业执照的签署、使用和管理等事项，确保公司运营的规范性和合法性。

四、可能面临的法律后果

若公司法人变更后未及时更新电子营业执照信息或继续使用原法人签名，可能面临以下法律后果：

1. 行政处罚：相关部门可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
2. 合同纠纷：因电子营业执照签名问题引发的合同纠纷，公司可能承担违约责任或赔偿责任。
3. 信誉损失：公司信誉可能因法律纠纷而受损，影响公司正常运营和业务发展。

综上所述，公司更改法人后，电子营业执照的签名应当由新法人进行签署。公司应及时更新电子营业执照信息，完善内部流程和制度，确保公司运营的规范性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。