企业法人变更时，电子签章的操作主体需根据变更流程阶段来确定，通常涉及新旧法人交替操作，具体分析如下：

1. 变更登记申请阶段
   此阶段需由旧法人（或其授权代表）使用电子签章签署变更登记申请文件。根据《市场主体登记管理条例》第十五条，申请变更登记需提交法定代表人签署的申请书，此时旧法人仍为企业合法代表，其电子签章具有法律效力。例如：旧法人需在《公司登记（备案）申请书》的法定代表人签字栏完成电子签署。

2. 变更登记完成阶段
   市场监管部门核准变更登记后，企业应立即更新电子签章系统中的法定代表人信息。此时新法人需完成电子签章的实名认证及授权绑定，后续文件签署（如合同、决议等）均应由新法人操作。例如：新法人需在工商部门完成备案后，通过企业电子签章平台重新录入人脸识别、银行卡验证等身份信息。

3. 特殊情形处理

   • 新旧法人交替期：若变更登记未完成前需签署紧急文件，建议同时留存旧法人签署文件及变更登记受理通知书作为过渡证明。
     
   • 电子签章系统更新延迟：根据《电子签名法》第十三条，可靠的电子签名需”签署时电子签名制作数据仅由签名人控制”。若系统未及时更新导致新法人无法签署，企业应暂停相关业务直至系统完成法定代表人信息同步。

实务建议：

1. 变更登记前，旧法人应妥善保管电子签章密钥，避免提前移交导致未经授权使用风险；
   
2. 变更登记后3个工作日内，企业需完成电子签章系统、税务系统、银行预留印鉴等全渠道法定代表人信息更新；
   
3. 若涉及跨境交易，需同步更新国际电子认证机构（如DigiCert）备案的法定代表人信息。

如遇电子签章操作纠纷（如旧法人拒不交还密钥、新法人签署被拒认等），可进一步向我提供具体情形，我将结合《民法典》第六十五条（表见代表）及《电子签名法》相关规定为您分析责任承担主体。