超市防损经理无权自行对小偷进行罚款，该行为不合法。以下从多个角度进行分析：
从法律授权的角度：
- 罚款是一种行政处罚行为，根据我国《行政处罚法》的规定，只有行政机关（如公安机关、市场监管部门等）在法定职权范围内，依照法定程序才能实施罚款等行政处罚。超市防损经理作为超市的内部管理人员，并不属于行政机关工作人员，没有法律赋予的罚款权力。因此，其自行对小偷进行罚款缺乏法律依据，属于违法行为。
从民事权利的角度：
- 如果小偷在超市实施了盗窃行为，超市作为受害方，有权要求小偷返还被盗财物，并可以要求赔偿因盗窃行为造成的损失。但这种赔偿请求应当通过合法途径解决，如协商、调解或向法院提起民事诉讼等，而不是由超市防损经理自行决定罚款金额并强制执行。
从刑事责任的角度：
- 如果小偷的盗窃行为达到刑事立案标准，超市应当及时报警，由公安机关依法处理。在刑事诉讼过程中，如果小偷被认定有罪，法院会根据其犯罪情节判处相应的刑罚，包括罚金等。但罚金是由法院判处的，而不是由超市或超市防损经理决定。
超市防损经理的正确做法：
- 超市防损经理在发现小偷后，应当及时控制现场并报警，由公安机关依法处理。在等待公安机关到来的过程中，防损经理可以采取必要的措施防止小偷逃跑或销毁证据，但不得对小偷进行体罚、殴打或罚款等违法行为。
建议：
- 如果超市或超市防损经理擅自对小偷进行罚款，小偷有权拒绝支付并可以向相关部门投诉或报警。
- 超市应当加强内部管理，提高员工法律意识，避免类似违法行为的发生。
- 如果超市因盗窃行为遭受损失，应当通过合法途径寻求赔偿，如向法院提起民事诉讼等。
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