结论：公司每个月扣两千块钱到年底发放是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若未经员工同意或不符合法定扣款情形，则不合法。

分析说明：

1. 法定扣款情形：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在特定情况下可以扣除劳动者工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，以及因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿（但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
   • 若公司每月扣除的两千元属于上述法定扣款情形之一，且符合相关限制条件，则可能是合法的。

2. 未经员工同意的扣款：

   • 如果公司未经员工同意，擅自决定每月扣除两千元工资到年底发放，这种行为很可能违反了劳动合同的约定以及劳动法的相关规定。
   • 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。公司单方面改变工资支付方式，可能构成对劳动合同的违约。

3. 扣款比例与最低工资标准：

   • 即使公司扣款属于法定情形，也需注意扣款比例和最低工资标准的限制。如前所述，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 若公司每月扣除的两千元导致员工当月工资低于最低工资标准，或扣款比例超过法定限制，则这种行为是不合法的。

行动建议：

• 与公司沟通：首先，建议员工与公司进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，看是否符合法定扣款情形以及相关限制条件。
• 查看劳动合同：员工应仔细查看自己的劳动合同，确认其中是否有关于工资支付方式、扣款等条款的约定。
• 寻求法律援助：如果公司无法给出合理的解释或拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

后续思考：

• 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付、扣款等方面的约定，确保自己的权益得到保障。
• 公司应遵守劳动法律法规，不得擅自改变工资支付方式或进行非法扣款，以免引发劳动争议和法律风险。