当员工在单位发生了工伤，但公司不认可时，您可以按照以下详细步骤来维护自己的合法权益：
一、明确工伤认定标准
首先，您需要了解并确认自己的情况是否符合工伤的认定标准。根据《工伤保险条例》的相关规定，以下情形应当认定为工伤：
- 在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；
- 工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；
- 在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；
- 患职业病的；
- 因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；
- 在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；
- 法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。
二、收集证据材料
在申请工伤认定前，您需要收集好相关证据材料，以证明自己的受伤情况与工作有关。这些证据材料包括但不限于：
- 医疗证明：如诊断书、病历、检查报告等，这些能证明您的受伤事实和伤情程度；
- 工作记录：如考勤表、工作日志、同事证言等，这些能证明您受伤发生在工作时间和工作场所内；
- 事故现场证据：如照片、视频、监控录像等，这些能还原事故经过，证明受伤与工作有关；
- 其他相关证据：如工资单、劳动合同、社保缴纳记录等，这些能证明您与用人单位的劳动关系。
三、申请工伤认定
如果公司不认可工伤，您可以在事故发生之日起一年内（或职业病确诊之日起一年内），自行向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时需提交以下材料：
- 工伤认定申请表；
- 与用人单位存在劳动关系的证明材料（如劳动合同）；
- 医疗诊断证明或职业病诊断证明书。
社会保险行政部门会根据您提交的材料进行调查核实，并在受理申请之日起60日内作出工伤认定的决定。
四、进行劳动能力鉴定
经治疗伤情相对稳定后，如果存在残疾或影响劳动能力的情况，您可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。鉴定结果将作为确定伤残等级和享受工伤保险待遇的依据。
五、协商赔偿事宜
一旦工伤被认定，且劳动能力鉴定结果已出，您可以与公司就工伤赔偿事宜进行协商。赔偿项目通常包括医疗费、停工留薪期工资、护理费、一次性伤残补助金等。在协商过程中，您可以根据自己的实际情况和法律规定，提出合理的赔偿要求。
六、寻求法律途径解决争议
如果协商不成，您可以采取以下法律途径解决争议：
- 劳动仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工伤赔偿。劳动仲裁是处理劳动争议的前置程序，具有准司法性质。在仲裁过程中，您需要提交相关证据材料，并阐述自己的诉求和理由。
- 诉讼：对仲裁裁决不服的，您可以向人民法院提起诉讼。法院将根据法律规定和事实情况进行审理，并作出判决。在诉讼过程中，您可能需要委托律师代理诉讼，以确保自己的权益得到充分保障。
七、注意事项
在整个过程中，您需要注意以下几点：
- 保留证据：务必妥善保管好所有相关证据材料，以备不时之需。这些证据材料在后续的工伤认定、劳动能力鉴定和赔偿协商等过程中都将发挥重要作用。
- 及时维权：工伤认定和劳动能力鉴定的申请都有时效限制，务必在规定时间内提出申请。否则，您可能会失去申请工伤认定和享受工伤保险待遇的权利。
- 法律咨询：如有必要，您可以寻求专业律师的法律咨询和帮助。律师可以根据您的具体情况和法律规定，为您提供专业的法律建议和维权方案。
希望以上解答能够帮助您更好地维护自己的合法权益。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。