结论：在同一家公司上班两年发生两次工伤且都认定为工伤的情况下，辞工后是可以分别申请两次一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的，但具体数额和申请条件需根据伤残等级和当地规定来确定。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工致残被鉴定为伤残等级的，可以享受一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。这两项补助金是针对职工因工伤导致的伤残而给予的补偿，与职工在公司的工作年限和工伤次数无直接关系，而是与伤残等级和当地规定有关。

2. 多次工伤的处理：

   • 如果职工在同一家公司多次发生工伤，且每次工伤都被认定为工伤，那么职工在辞工时，可以分别就每次工伤申请一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。但需要注意的是，每次申请都需要基于相应的伤残等级鉴定结果。

3. 伤残等级鉴定：

   • 伤残等级鉴定是申请一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的前提。职工需要在辞工前，通过合法的鉴定机构进行伤残等级鉴定，以确定自己的伤残等级。伤残等级的不同，将直接影响补助金的数额。

4. 当地规定：

   • 除了国家层面的《工伤保险条例》外，各地还可能根据实际情况制定具体的实施细则或规定。因此，职工在申请补助金时，还需要了解并遵守当地的相关规定。例如，有些地区可能对补助金的数额、申请条件等有具体的规定。

5. 申请流程：

   • 职工在辞工后，应尽快向当地的社会保险经办机构或相关部门提交申请，并提供必要的证明材料，如工伤认定书、伤残等级鉴定书、辞工证明等。相关部门在收到申请后，将进行审核，并根据审核结果发放补助金。

建议：

• 如果你在同一家公司发生了两次工伤，且都已经被认定为工伤，那么在辞工前，建议你先进行伤残等级鉴定，以确定自己的伤残等级和可以申请的补助金数额。
• 同时，你也需要了解并遵守当地的相关规定，以确保自己的申请能够得到顺利处理。
• 如果在申请过程中遇到任何问题或困难，你可以随时向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。