核心结论：小包工头在工程总款结清但不足以支付农民工工资时，可通过以下途径维权，具体需结合合同关系、资金流向等事实分情况处理。

1. 核查与上游发包方的合同条款，主张追加工程款

• 法律依据：若小包工头与发包方（如总承包方、建设单位）签订的合同中明确约定了工程款计算方式（如按工程量、面积、进度等），且实际完成工程量超出结算金额，可依据《民法典》第577条（合同履行不符的违约责任）要求发包方补足差额。
• 操作要点：
  • 收集施工过程中的签证单、验收单、工程量确认单等证据，证明实际完成工作量；
  • 若发包方存在未按时验收、擅自使用工程等情形，可主张其丧失工程量争议抗辩权；
  • 通过协商或诉讼要求重新核算工程款，优先用于支付农民工工资。

2. 向总承包方或建设单位主张“垫付责任”

• 法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》第30条，分包单位（小包工头）未按时支付工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法追偿；若建设单位未按合同约定拨付工程款导致欠薪，建设单位需以未结清工程款为限先行垫付。
• 操作要点：
  • 向总承包方或建设单位发出书面催告函，要求其履行垫付义务；
  • 保留催告记录（如邮寄凭证、短信、邮件等）；
  • 若对方拒绝，可向当地劳动监察部门投诉或直接起诉，同时申请财产保全防止资金转移。

3. 追究上游方“恶意结算”或“虚假结算”责任

• 适用情形：若发包方通过虚增扣款、降低单价、隐瞒工程量等方式恶意压低结算金额，导致小包工头无力支付工资，可能构成欺诈或显失公平。
• 法律依据：根据《民法典》第147-151条，受欺诈、胁迫或显失公平的合同可撤销；第157条，合同被撤销后，行为人应返还财产或赔偿损失。
• 操作要点：
  • 收集结算协议签订时的沟通记录、录音、证人证言等，证明对方存在恶意；
  • 委托第三方审计机构对工程量及造价进行重新评估；
  • 在1年内向法院申请撤销结算协议，并主张按实际工程量重新结算。

4. 通过劳动监察或刑事报案途径施压

• 劳动监察投诉：向当地人社局劳动监察大队提交欠薪证据（如工资表、考勤记录、结算单等），要求责令发包方或总承包方限期支付；逾期不付的，可申请加付50%-100%赔偿金（《保障农民工工资支付条例》第54条）。
• 刑事报案：若发包方通过虚假结算、转移财产等方式逃避支付工资，且欠薪数额较大（通常1万元以上），可能构成《刑法》第276条之一的“拒不支付劳动报酬罪”。小包工头可向公安机关报案，通过刑事立案迫使对方支付。

5. 自身责任规避与证据保留

• 避免“包工头个人担责”：若小包工头以个人名义承包工程，可能被认定为实际施工人，需自行承担工资支付责任。建议后续通过注册个体工商户或公司，以法人主体承接工程，隔离个人财产风险。
• 证据保留：全程保留与上游方的合同、结算单、沟通记录、农民工工资表等，避免因证据不足导致维权失败。

行动建议：

1. 立即整理所有与工程相关的合同、结算单、施工记录等证据；
   
2. 根据上述路径选择最可能成功的方案（如优先向总承包方主张垫付）；
   
3. 若协商无果，尽快委托律师介入，通过法律程序追讨欠款。
   

如有进一步细节（如合同类型、结算方式、欠薪金额等），可向我补充说明，以便提供更精准的方案。