在行政诉讼中，当法院认定行政规范性文件制定程序违法时，其裁判方式会根据违法行为的性质、后果以及对国家利益、社会公共利益和原告权利的具体影响来综合确定。以下是对此问题的详细解答：
一、确认违法但不撤销行政行为
情形一：撤销将给国家利益、社会公共利益造成重大损害
- 若行政规范性文件的制定程序虽然违法，但该文件涉及重大国家利益或社会公共利益，且撤销该文件将对这些利益造成重大损害，法院可能会确认该文件违法，但不予撤销。例如，某些涉及公共安全、环境保护的紧急措施，尽管制定程序存在瑕疵，但撤销可能导致严重后果，此时法院会权衡利弊，选择确认违法但不撤销。
情形二：程序轻微违法，对原告权利不产生实际影响
- 如果行政规范性文件的制定程序存在轻微违法，如某些非关键性程序的遗漏或延迟，且这些违法并未对原告的权利产生实际影响，法院同样可能会确认违法但不撤销。这种情况下，法院认为撤销文件并非必要，因为原告的权利并未受到实质性损害。
补充情形
- 行政行为违法但不具有可撤销内容（如行为已完成，无法恢复原状）或被告已改变原违法行政行为而原告仍要求确认违法，以及被告不履行或拖延履行法定职责且判决履行无意义的情况，法院也会判决确认违法。
二、撤销行政行为，并可以判决被告重新作出行政行为
- 当行政规范性文件的制定程序存在严重违法，且不具备上述不应撤销的特殊情形时，法院通常会判决撤销该文件。若撤销后行政法律关系处于不确定状态，为了维护法律关系的明确性和稳定性，法院可同时判决被告重新作出符合法定程序的行政行为。
三、判决被告采取补救措施
- 对于程序违法的行政规范性文件，如果法院认为撤销或确认违法并非最佳解决方案，或者撤销后可能给原告造成不利影响，法院可根据案件具体情况，判决被告采取相应的补救措施。这些补救措施可能包括重新进行告知、举行听证、公开文件制定过程等，以弥补程序违法给原告造成的不利影响。
四、赔偿损失
- 如果行政规范性文件的制定程序违法给原告的合法权益造成了实际损害，且原告在行政诉讼中一并提出赔偿请求，法院在判决确认行政行为违法的同时，还会根据原告所受损失情况，判决被告给予相应的赔偿。这体现了法律对原告合法权益的保护和对违法行政行为的制裁。
五、判决依据与程序
- 人民法院在作出上述判决时，会严格依据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，并结合案件的具体情况进行综合判断。法院会全面审查行政规范性文件的制定程序是否合法，包括是否遵循了法定程序、是否保障了相关当事人的合法权益等。
- 在行政诉讼过程中，法院会确保判决的公正性和合理性，通过综合考虑各种因素来作出最符合法律精神和社会利益的判决。这包括对国家利益、社会公共利益和原告权利的平衡考量，以及对行政行为合法性的全面审查。
综上所述，对于行政诉讼中程序违法的行政规范性文件，法院的判决方式灵活多样，旨在既维护法律的严肃性，又兼顾国家利益、社会公共利益以及原告的合法权益。