缴纳房产税和土地使用税，并不能直接证明公司厂房是合法建筑。以下从多个角度进行分析：

税收缴纳与建筑合法性的关系

1. 税收缴纳的独立性：

   • 房产税和土地使用税的缴纳，是基于对房产和土地的使用权或所有权而产生的法定义务。这种义务的履行，并不直接等同于对建筑合法性的确认。
   • 税收的征收管理，主要关注的是纳税义务的产生、计算和缴纳，而不涉及对建筑本身合法性的审查。

2. 建筑合法性的判断标准：

   • 建筑的合法性，通常取决于其是否符合城市规划、建设许可、消防安全、环保要求等多方面的法律法规。
   • 合法建筑应具备相应的规划许可证、施工许可证等法定文件，且其建设过程应符合相关法律法规的规定。

合法建筑与非法建筑的税收处理

1. 合法建筑的税收处理：

   • 对于合法建筑，其所有者或使用者应依法缴纳房产税和土地使用税。
   • 税收的缴纳，是合法建筑所有者或使用者履行法定义务的表现，但并不构成对建筑合法性的证明。

2. 非法建筑的税收处理：

   • 非法建筑，即未经规划、建设等部门批准擅自建设的建筑，其本身不具有合法性。
   • 然而，即使建筑非法，其所有者或使用者仍可能因实际使用房产和土地而需要缴纳房产税和土地使用税。这种缴纳行为，并不改变建筑本身的非法性质。

实际案例与法律后果

• 在实际案例中，存在非法建筑因实际使用而缴纳房产税和土地使用税的情况。但这并不意味着这些建筑因此变得合法。
• 如果建筑被认定为非法，其所有者或使用者可能面临拆除、罚款等法律后果。税收的缴纳，并不能作为免除这些法律后果的依据。

建议与结论

• 对于公司而言：如果其厂房正在缴纳房产税和土地使用税，这并不能直接证明厂房是合法建筑。公司应进一步核实厂房的规划许可证、施工许可证等法定文件，以确保其合法性。
• 对于个人或企业而言：在涉及房产和土地交易时，应谨慎审查对方的产权证明和相关法定文件，以避免因建筑非法而引发的法律风险。

综上所述，缴纳房产税和土地使用税，并不能直接证明公司厂房是合法建筑。建筑的合法性，应依据其是否符合相关法律法规的规定进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。