核心结论：签订劳务合同后员工未提交转正申请产生纠纷，处理方式需依据合同约定、公司规章制度及法律规定综合判断，具体可从以下角度分析处理：

1. 审查劳务合同及公司规章制度

• 合同约定优先：首先需审查劳务合同中是否明确约定了转正条件、程序及未提交转正申请的后果。若合同明确约定员工需主动提交转正申请作为转正前提，且员工未履行该义务，公司可依据合同主张员工未满足转正条件，按试用期标准支付报酬或解除劳务关系。
• 规章制度补充：若合同未约定但公司规章制度中有相关规定（如“员工需在试用期满前X日提交转正申请，逾期未提交视为放弃转正”），需确认该制度是否经民主程序制定并公示告知员工。若符合程序要求，公司可依据制度处理；若未履行程序，制度可能对员工不产生约束力。

2. 分析未提交转正申请的原因及责任

• 员工主观故意：若员工因个人原因（如对工作不满、寻求其他机会等）故意不提交申请，且合同或制度明确约定后果，公司可按约定处理；但需注意避免以“未提交申请”为由变相延长试用期或克扣报酬，否则可能涉嫌违法。
• 公司未履行告知义务：若公司未在合同或入职培训中明确告知员工需提交转正申请，或未提供申请渠道（如未提供表格、未告知提交对象等），导致员工不知情或无法提交，公司可能需承担主要责任，不得单方面以“未申请”为由否定员工转正资格。

3. 法律风险防范与纠纷解决

• 协商优先：建议公司首先与员工沟通，了解未提交申请的真实原因（如疏忽、误解或对转正条件有异议），协商补充提交或调整转正时间，避免矛盾激化。
• 证据固定：若协商无果，公司需固定相关证据（如合同、制度、员工未提交申请的记录、沟通记录等），证明己方已履行告知义务且员工存在过错，为后续可能的仲裁或诉讼做准备。
• 合法处理：若公司决定解除劳务关系或按试用期标准支付报酬，需确保处理方式符合《劳动合同法》等规定（如试用期期限合法、解除程序合法等），避免因违法解除或克扣工资引发赔偿风险。

4. 特殊情形处理

• 合同未约定试用期：若劳务合同未约定试用期，或试用期已满且公司未提出异议，员工自动转为正式员工，无需提交转正申请。此时公司不得以“未申请”为由拒绝承认员工身份。
• 员工已实际履行正式员工职责：若员工虽未提交申请，但已按正式员工标准工作（如享受正式工资、福利、承担正式岗位职责等），可能被认定为事实上的正式员工关系，公司需按正式员工标准支付报酬及承担义务。

建议：为避免此类纠纷，公司应在劳务合同中明确转正条件、程序及后果，并通过入职培训、书面告知等方式确保员工知悉；员工也应主动了解合同条款，及时履行义务。若已产生纠纷，建议根据具体情况咨询专业律师，制定合法合规的处理方案。