结论：工程已完成3年后甲方提出扣水电费是否合法，需根据具体情况判断，主要包括合同约定、法律规定以及时效性等多个方面。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定：

   • 合法情形：如果双方在工程合同中明确约定了水电费的承担方式，包括在工程竣工后的一段时间内（如3年）甲方有权扣除水电费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么甲方提出扣水电费是合法的。
   • 不合法情形：如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么甲方单方面提出扣水电费可能缺乏合同依据，从而不合法。

2. 法律规定：

   • 水电费性质：水电费通常属于工程成本的一部分，如果合同中没有特别约定，一般应由承包方（乙方）承担。但如果在工程竣工后，甲方因自身原因（如未及时结算、未支付工程款等）导致乙方未承担水电费，且双方未就此达成新的协议，那么甲方在工程完成后3年再提出扣水电费可能缺乏法律依据。
   • 时效性：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，民事权利的行使通常受到时效性的限制。虽然水电费本身可能不受特定时效的限制（除非合同中有约定），但如果甲方在工程竣工后长时间未提出扣水电费的要求，且乙方对此提出异议，那么甲方可能因超过合理期限而丧失主张权利的机会。不过，具体时效期限需根据合同约定和法律规定综合判断。

3. 实际操作建议：

   • 审查合同：首先，双方应仔细审查工程合同，明确水电费的承担方式和相关条款。
   • 协商解决：如果合同中没有明确约定或存在争议，双方应尝试通过协商解决。协商过程中，可以参考行业惯例、市场价格等因素，寻求一个双方都能接受的解决方案。
   • 法律途径：如果协商无果，任何一方都有权通过法律途径解决争议。此时，建议咨询专业律师，了解具体法律程序和可能的结果。

特殊情况说明：

• 如果甲方在工程竣工后3年内一直未提出扣水电费的要求，且乙方在此期间也未提出异议或主张权利，那么甲方在3年后突然提出扣水电费可能面临更大的法律风险。因为这种情况下，甲方可能被视为放弃了主张水电费的权利，或者因超过合理期限而丧失了主张的机会。

总结与建议：

• 甲方在工程已完成3年后提出扣水电费是否合法，需根据合同约定、法律规定以及时效性等多个方面综合判断。
• 建议双方首先审查合同条款，明确水电费的承担方式和相关约定。
• 如果存在争议或不明确的地方，建议通过协商解决；协商无果时，可咨询专业律师并通过法律途径解决。

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