结论：对于整栋建筑物只有部分在合法土地上、部分在未批土地上的情况，不动产证的办理会面临较大的法律障碍，一般情况下无法直接办理整栋建筑物的不动产证。不过，具体能否办理以及如何处理，还需根据实际情况和当地政策进行细致分析。
分析说明：
合法土地部分：
- 对于建筑物中位于合法土地上的部分，理论上是可以办理不动产证的。这部分土地的使用权是合法的，因此建筑物在该部分土地上的权益也应得到法律保护。
- 然而，由于建筑物是一个整体，如果仅对合法土地上的部分办理不动产证，可能会面临技术上的难题，如如何准确界定合法土地上的建筑物范围等。
未批土地部分：
- 对于建筑物中位于未批土地上的部分，由于土地使用权未获得合法批准，因此这部分建筑物无法直接办理不动产证。
- 未批土地上的建筑物可能面临被拆除、罚款等法律风险，这也会影响到整栋建筑物不动产证的办理。
整体办理的可能性：
- 在实践中，由于建筑物是一个整体，且未批土地上的部分存在法律风险，因此通常无法仅对合法土地上的部分办理不动产证，而忽略未批土地上的部分。
- 如果尝试整体办理不动产证，可能会因未批土地部分的存在而遭到拒绝或面临其他法律障碍。
可能的解决方案：
- 补办土地审批手续：如果可能的话，尝试补办未批土地部分的审批手续，使其变为合法土地，从而为整栋建筑物办理不动产证创造条件。
- 分割处理：在技术上可行且法律允许的情况下，可以考虑将建筑物进行分割处理，仅对合法土地上的部分办理不动产证。但这种方法可能受到建筑物结构、使用功能等多种因素的限制。
- 咨询当地政策：不同地区对于此类问题的处理政策可能有所不同。因此，建议咨询当地相关部门或专业律师，了解具体政策和操作流程。
后续行动建议：
- 详细了解土地情况：首先，需要详细了解建筑物的土地情况，包括合法土地和未批土地的具体范围、面积等。
- 咨询专业律师：由于此类问题涉及复杂的法律关系和政策规定，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和操作方案。
- 与相关部门沟通：与当地土地管理部门、规划部门等相关部门进行沟通，了解具体政策和操作流程，为办理不动产证创造条件。
法律风险提示：
- 在未批土地上建设建筑物可能面临被拆除、罚款等法律风险。
- 尝试办理不动产证时，如果未批土地部分未得到妥善处理，可能会导致办理失败或面临其他法律障碍。
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