公司可通过协商、内部制度处理或法律途径追偿员工未补缴的个人社保/公积金部分。具体分析如下：

1. 协商解决
   公司可优先与员工沟通，明确其未补缴的原因（如经济困难、疏忽等），要求其限期返还公司垫付的款项。若员工同意，可签订书面协议（如《还款承诺书》），约定还款金额、期限及违约责任（如逾期利息、赔偿损失等），以增强约束力。

2. 内部制度处理
   若公司《员工手册》或劳动合同中明确规定“员工未按时补缴个人部分，公司有权从工资中扣除”，且该制度经民主程序制定并公示，公司可依据制度直接从员工后续工资中扣减垫付款项。但需注意：

   • 扣减金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 需提前书面告知员工扣减原因及金额，保留通知证据。

3. 法律途径追偿
   若协商无果且内部制度无法执行，公司可向法院提起民事诉讼，要求员工返还垫付款项。需准备以下证据：

   • 垫付证明（如社保/公积金缴费凭证、公司付款记录）；
     
   • 员工未补缴的证据（如员工签字确认的补缴通知、公司催缴记录）；
     
   • 损失计算依据（如垫付金额、利息或律师费等合理支出）。
     若证据充分，法院一般会支持公司的诉求。

风险提示：

• 追偿过程中需避免侵犯员工合法权益（如随意扣减工资、泄露隐私等），否则可能面临劳动仲裁或行政处罚；
  
• 若员工离职，需在离职后1年内主张权利，避免超过诉讼时效。
  

建议公司根据实际情况选择合适方式，必要时可委托律师协助处理，以降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。