结论：有国有土地使用证的情况下翻盖是否违法不能一概而论，需分情况讨论，不同情况有不同的处理方式。

1. 符合规划且履行审批手续的情况
   • 是否违法：如果翻盖行为符合当地城乡规划要求，并且按照规定履行了相应的审批手续，例如向规划部门申请了建设工程规划许可证等，那么这种翻盖行为是合法的。
   • 处理方式：在这种情况下，你可以按照规划要求和审批内容进行翻盖施工。在施工过程中，要遵守相关的施工管理规定，确保施工安全和工程质量。施工完成后，可能还需要按照规定进行竣工验收等程序。
2. 符合规划但未履行审批手续的情况
   • 是否违法：即便翻盖行为本身符合城乡规划，但如果没有依法履行审批手续，比如没有取得建设工程规划许可证就擅自翻盖，那么这种行为属于违法建设行为。
   • 处理方式：
     • 自行整改：一旦发现这种情况，你应该立即停止施工，向当地的规划部门等相关行政机关说明情况，按照要求补办相应的审批手续。如果能够补办成功，在获得合法手续后可以继续施工。
     • 接受处罚：如果无法补办手续或者行政机关认定你的翻盖行为存在其他严重问题，可能会对你进行行政处罚，如罚款、责令限期拆除等。你需要积极配合行政机关的工作，按照处罚决定执行。如果对处罚决定有异议，可以在法定期限内申请行政复议或者提起行政诉讼。
3. 不符合规划的情况
   • 是否违法：如果翻盖行为不符合当地城乡规划要求，无论是否履行了审批手续，都属于违法建设行为。例如，在规划为公共绿地的土地上进行翻盖房屋等。
   • 处理方式：
     • 自行拆除：行政机关通常会责令你自行拆除违法建筑。在这种情况下，你应该按照要求及时自行拆除，以减少损失和避免更严重的法律后果。
     • 强制拆除与处罚：如果你不自行拆除，行政机关有权依法强制拆除，并且可能会对你处以罚款等行政处罚。强制拆除的费用一般也由你承担。同样，如果你对行政机关的处理决定不服，可以在法定期限内通过申请行政复议或者提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

在处理国有土地上翻盖房屋的问题时，建议你提前了解当地的城乡规划要求和相关的审批流程，确保自己的行为合法合规。如果你在翻盖过程中遇到具体的法律问题，可以直接向我咨询。