事业单位职工休产假期间，年终奖是否被扣除需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、法律法规层面

1. 产假期间的工资待遇：

   • 根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在产假期间，用人单位应按照其原工资标准支付工资，不得降低其基本工资或解除劳动合同。这里的“原工资标准”通常理解为女职工在产假前的正常工资水平，包括基本工资和可能的奖金、津贴等。但年终奖是否属于“原工资标准”的一部分，需结合具体规定和单位制度来判断。

2. 年终奖的性质：

   • 年终奖是用人单位根据自身经营状况和员工表现，在年底或特定时间给予员工的奖励。它并非法律强制规定的工资组成部分，而是用人单位的一种激励措施。因此，年终奖的发放与否、发放标准等，往往由用人单位的规章制度或劳动合同约定。

二、单位规章制度与劳动合同层面

1. 单位规章制度：

   • 如果事业单位的规章制度中明确规定了年终奖的发放条件、标准等，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定将作为判断年终奖是否应发放的依据。如果规章制度中未提及产假期间年终奖的发放问题，或者规定产假期间不享受年终奖，那么这可能成为单位扣除年终奖的依据。但需注意，单位规章制度需经过民主程序制定并公示，否则可能对员工不产生约束力。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同是用人单位与员工之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件、标准等，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么这些约定将优先于单位规章制度适用。如果劳动合同中未提及年终奖问题，或者约定不明确，那么可能需要参考单位规章制度或行业惯例来判断。

三、实际操作与建议

1. 查阅单位规章制度与劳动合同：

   • 事业单位职工在休产假前，应仔细查阅单位的规章制度和劳动合同，了解年终奖的发放条件、标准等。如果发现规章制度或劳动合同中存在不公平、不合理的条款，或者对年终奖的发放问题未作明确规定，可以与单位进行沟通协商，寻求解决方案。

2. 与单位沟通协商：

   • 如果职工认为单位扣除年终奖的行为不合理或违法，可以与单位进行沟通协商，表达自己的诉求和理由。在协商过程中，可以引用相关法律法规和单位规章制度作为依据，争取自己的合法权益。

3. 寻求法律援助：

   • 如果与单位沟通协商无果，职工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。在申请调解仲裁时，需要提供相关证据材料，如单位规章制度、劳动合同、工资条等，以证明自己的诉求和理由。

总结来说，事业单位职工休产假期间年终奖是否被扣除，需结合法律法规、单位规章制度和劳动合同等多方面因素进行综合判断。如果职工对此有疑问或认为单位的行为不合理或违法，建议及时与单位沟通协商或寻求法律援助。