结论：和申请人协商好并履行完还款后，是否可以直接撤案，需根据案件所处的阶段和性质来具体分析，不能一概而论。

分析如下：

1. 如果案件尚未进入司法程序：

   • 在这种情况下，由于案件还未正式提交至法院或仲裁机构，双方通过协商达成一致并履行完还款义务后，理论上是可以直接“撤案”的，这里的“撤案”更多是指双方不再继续追究此事，无需通过法律途径解决。
   • 建议：为了确保双方权益，最好签订一份书面协议，明确双方已就债务问题达成一致，且债务已全部清偿，以避免未来可能出现的纠纷。

2. 如果案件已经进入司法程序，但尚未判决：

   • 在此阶段，如果双方达成和解并履行完还款义务，可以向法院或仲裁机构申请撤诉或撤回仲裁申请。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律规定，原告在案件宣判前有权申请撤诉，法院或仲裁机构在审查后认为符合撤诉条件的，会裁定准予撤诉。
   • 建议：在申请撤诉前，应确保已完全履行还款义务，并准备好相关证据（如还款凭证、和解协议等）以支持撤诉申请。

3. 如果案件已经进入司法程序，且已判决：

   • 在这种情况下，由于法院或仲裁机构已经作出了具有法律效力的判决或裁决，双方不能直接“撤案”。
   • 后续处理：如果债务人已履行完还款义务，可以向法院或仲裁机构申请执行终结，以结束案件的执行程序。同时，如果双方希望进一步确认债务已清偿的事实，可以签订一份书面确认协议。
   • 建议：在履行完还款义务后，及时与申请人沟通，确认其是否已收到款项，并保留好相关证据以备不时之需。

额外提醒：

• 在整个过程中，务必确保所有操作都符合法律法规的规定，以避免因操作不当而引发的法律风险。
• 如果对案件处理流程或相关法律法规存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确指导。

总结：和申请人协商好并履行完还款后，是否可以直接撤案取决于案件所处的阶段和性质。在处理此类问题时，务必谨慎行事，并遵循相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。