结论：个体户收取的居间服务费超过合同约定金额（如超过合同金额的5%）是否合法及如何处理，需结合合同约定、行业惯例、法律规定及实际履行情况综合判断。以下分情况说明：

1. 若合同明确约定居间费比例，且未超过法定上限

• 合法性：根据《民法典》第九百六十三条，居间人促成合同成立的，委托人应按约定支付报酬。若合同明确约定居间费为合同金额的5%（或更低），但个体户实际收取更高费用，则属于违约行为，委托人有权要求返还超出部分或拒绝支付。
• 处理建议：
  • 委托人可依据合同条款，通过协商、调解或诉讼要求个体户返还超额费用；
  • 若合同未约定违约金，委托人可主张个体户承担因违约造成的实际损失（如资金占用利息等）。

2. 若合同未明确约定居间费比例，但行业惯例或市场合理水平支持5%

• 合法性：若合同未约定具体比例，但双方实际履行中默认按5%支付，且该比例符合行业惯例或市场合理水平（如房地产中介行业常见比例为1%-3%，但特殊项目可能更高），则个体户收取5%可能被认定为合理费用。
• 处理建议：
  • 委托人需举证证明行业惯例或市场合理水平（如行业协会文件、同类交易案例等）；
  • 若无法举证，可能面临被法院认定“显失公平”的风险，此时可主张调整费用比例。

3. 若合同未约定比例，且5%明显高于合理范围

• 合法性：根据《民法典》第一百五十一条，若居间费显著高于市场合理水平，可能构成“显失公平”，委托人有权请求法院或仲裁机构撤销或变更合同条款。
• 处理建议：
  • 委托人应在知道或应当知道撤销事由之日起1年内行使撤销权；
  • 需提供证据证明费用明显不合理（如同类服务市场价、个体户实际成本等）。

4. 若个体户存在欺诈、胁迫等行为

• 合法性：若个体户通过虚构事实、隐瞒真相或胁迫等方式迫使委托人签订高额居间费条款，该条款可能因《民法典》第一百四十八条、第一百五十条被认定为无效。
• 处理建议：
  • 委托人应立即收集证据（如聊天记录、录音、证人证言等）；
  • 可向公安机关报案或直接起诉确认合同无效，并要求返还已支付费用。

5. 税务合规风险

• 注意点：无论居间费是否合法，个体户均需按《税收征收管理法》及个人所得税法规定申报纳税。若未申报或偷逃税款，可能面临税务机关处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款等）。
• 建议：个体户应保留完整合同、付款凭证等材料，按实际收入申报纳税；委托人也可要求个体户提供合法发票。

总结：个体户收取超额居间费是否合法，需以合同约定为核心，结合行业惯例、市场水平及实际履行情况判断。若存在争议，建议委托人优先通过协商解决；协商不成，可委托律师收集证据并提起诉讼或仲裁。如有具体案例或合同条款，可进一步向我咨询细节。