员工侵占公款5000元，在大多数情况下不会被判刑，但具体还需根据当地司法实践和单位内部规定来处理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、职务侵占罪的立案标准

根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，职务侵占罪中的“数额较大”起点通常为6万元以上。这意味着，只有侵占数额达到或超过6万元，才有可能被追究刑事责任。因此，从数额上看，员工侵占公款5000元未达到这一立案标准，通常不会被认定构成犯罪并判刑。

二、特殊地区的立案标准

尽管上述是普遍适用的标准，但在司法实践中，某些特殊地区可能会根据本地区的经济发展状况和社会治安状况，在上述规定的数额幅度内，确定本地区执行的具体数额标准。然而，截至目前，很少有地区将职务侵占罪的入罪标准降低到5000元这么低的水平。因此，在大多数情况下，员工侵占公款5000元仍然不会构成刑事犯罪。

三、未构成犯罪的处理方式

即使员工侵占公款5000元不构成刑事犯罪，但这种行为仍然违反了民事法律规定和单位的规章制度。单位可以通过以下途径来维护自身权益：

1. 民事诉讼：单位可以提起民事诉讼，要求侵占人返还侵占的款项，并赔偿因此造成的损失。这是单位维护自身财产权益的一种有效方式。
2. 内部纪律处分：单位内部也可以依据规章制度对涉事人员进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等。这有助于维护单位的正常秩序和纪律性。

四、特殊情况下的法律判断

值得注意的是，如果有多次职务侵占行为，或者职务侵占行为造成了其他严重后果（如严重影响了单位的正常运营），这些因素都有可能影响法律的判断。虽然单次侵占数额未达到入罪标准，但累计数额或造成的后果可能使得法律对行为人作出更为严厉的评价。在这种情况下，即使单次侵占数额不高，也可能面临刑事责任的追究。

五、建议与总结

1. 员工应严格遵守职业道德和法律法规：作为员工，应时刻牢记自己的职责和义务，不得利用职务之便侵占公私财物。这是维护个人职业声誉和单位财产安全的基本要求。
2. 单位应加强内部管理：单位应建立健全的规章制度和内部控制机制，加强对员工行为的监督和管理。这有助于预防职务侵占等违法行为的发生，保护单位的财产安全。
3. 遇到问题及时咨询：如果员工或单位在职务侵占问题上遇到困惑或纠纷，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供准确的法律分析和建议，帮助当事人维护自身权益。

综上所述，员工侵占公款5000元在大多数情况下不会被判刑，但仍需承担民事责任和单位内部的纪律处分。在处理此类问题时，应综合考虑法律规定、案件具体情况以及被告人的个人情况等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。